结论：证书注册在分公司，同时社保也上在分公司，这种做法通常是合法的，但需满足一定条件并注意潜在风险。以下从不同角度详细分析：

1. 法律合规性角度
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。若分公司已依法取得营业执照或登记证书，具备独立用工主体资格，则其作为用人单位为员工缴纳社保完全合法。证书注册在分公司（如职业资格、执业证书等）通常表明员工与分公司存在实际劳动关系，此时社保由分公司缴纳符合法律规定。

2. 劳动关系认定角度
   需注意区分“证书注册”与“劳动关系”的关联性。若员工实际与总公司签订劳动合同，但证书注册在分公司（例如建筑行业资质挂靠），而社保由分公司缴纳，则可能涉及“人证分离”问题。此时需审查：

   • 劳动合同主体与社保缴纳主体是否一致；
     
   • 工资发放、考勤管理、工作安排等实际用工管理是否由分公司负责。
     若劳动关系实际在总公司，仅因资质需求将证书注册在分公司，则社保应由总公司缴纳，否则可能面临劳动监察部门处罚或社保争议风险。

3. 税务与社保政策角度
   部分地区对分公司社保缴纳有特殊规定（如跨省分公司需在当地独立参保）。若分公司未在当地设立社保账户，或未按规定为员工缴纳社保，即使证书注册在分公司，仍可能因程序违法被要求补缴或罚款。此外，若分公司通过“低报缴费基数”等方式减少社保支出，可能涉及偷逃社保费，需承担行政责任甚至刑事责任。

4. 实务建议

   • 明确劳动关系主体：通过劳动合同、工资流水、工作记录等证据固定实际用工关系，避免“人证分离”；
     
   • 合规缴纳社保：确保分公司在当地依法设立社保账户，按员工实际工资水平申报缴费基数；
     
   • 完善内部管理：若涉及跨主体用工（如总公司与分公司混合用工），建议通过书面协议明确权利义务，避免纠纷。

风险提示：若分公司未独立核算或未取得合法用工资质，即使证书注册在分公司，社保仍需由总公司缴纳。建议根据分公司实际经营状况（如是否独立核算、是否领取营业执照）综合判断，必要时可提供具体信息进一步分析。