结论：员工因不配合领导工作，公司不能直接开除，否则可能构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任。

分析说明：

1. 劳动合同解除的法定条件：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位解除劳动合同必须符合法定条件，如员工严重违反用人单位的规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害等。
   • “不配合领导工作”本身并不直接构成法定解除劳动合同的条件，除非这种不配合行为严重违反了公司的规章制度，且该规章制度已经合法程序制定并公示，同时不配合的行为确实给公司造成了重大损害。

2. 公司直接开除的法律后果：

   • 如果公司未经合法程序，仅因员工不配合领导工作就直接开除，这可能构成违法解除劳动合同。
   • 根据《劳动合同法》的规定，违法解除劳动合同的，用人单位需要向劳动者支付赔偿金，赔偿金的标准通常是经济补偿金的两倍。经济补偿金则根据劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。

3. 建议处理流程：

   • 调查核实：公司应首先调查核实员工不配合领导工作的具体情况，包括不配合的原因、程度、影响等。
   • 沟通协商：在调查核实的基础上，公司应与员工进行沟通协商，尝试解决问题，如调整工作岗位、提供培训、明确工作职责等。
   • 依据规章制度处理：如果员工的不配合行为确实违反了公司的规章制度，且该规章制度已经合法程序制定并公示，公司可以依据规章制度对员工进行相应的处理，如警告、记过、降职等。但处理前应确保员工已经知晓并同意该规章制度。
   • 合法解除劳动合同：在符合法定条件且经过合法程序的情况下，公司才可以考虑解除劳动合同。解除前应通知工会（如有），并出具解除劳动合同的证明，同时办理档案和社会保险关系转移手续。

特殊场景：

• 如果员工的不配合行为已经构成了严重违反公司规章制度或严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害的情形，且公司有充分的证据证明这一点，那么公司可以依据《劳动合同法》的相关规定直接解除劳动合同，但同样需要确保解除程序的合法性。

行动建议：

• 公司应建立健全的规章制度，并确保这些规章制度已经合法程序制定并公示。
• 在处理员工不配合工作的问题时，公司应保持冷静和理性，避免情绪化决策。
• 如果公司不确定如何处理或担心处理不当可能引发法律风险，建议及时咨询专业律师或法律机构。

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