核心结论：员工未办理离职手续、未提交离职证明便离职的，用人单位可采取以下措施应对，具体需结合实际情况选择适用方案：

1. 立即启动书面催告程序

用人单位应第一时间通过书面形式（如EMS邮寄、电子邮件、企业微信等可留痕方式）向员工发送《限期返岗通知书》，明确要求其：

• 返岗补办手续：要求员工在指定期限内返回公司，补交离职证明、完成工作交接、归还公司财物（如电脑、门禁卡等）；
• 说明离职原因：若员工未提前30日通知离职（试用期提前3日），可要求其说明是否因用人单位存在违法行为（如拖欠工资、未缴社保等）导致被迫离职；
• 告知法律后果：明确若未按时返岗，将按旷工处理，并保留追究其违法解除劳动合同责任的权利。

法律依据：
根据《劳动合同法》第37条，劳动者提前30日（试用期3日）书面通知用人单位可解除合同；若未履行通知义务，用人单位可依据规章制度按旷工处理，严重者可解除合同且无需支付补偿。

2. 分情况处理离职证明缺失问题

• 若员工未提交离职证明系因原单位未开具：
  用人单位可要求员工签署《承诺书》，承诺其与原单位已解除劳动关系，若因未提交离职证明导致原单位主张权利（如索赔违约金、要求返岗等），由员工承担全部责任。
  风险提示：若员工与原单位存在竞业限制、服务期等特殊约定，用人单位可能因“明知而录用”承担连带责任，需谨慎核实。

• 若员工拒绝补交离职证明且未返岗：
  用人单位可按旷工处理，依据规章制度解除劳动合同，并无需支付经济补偿。但需确保：

  • 规章制度已明确“旷工X日视为严重违纪”；
    
  • 已通过民主程序制定并公示；
    
  • 解除程序合法（如通知工会、送达解除通知等）。

3. 追偿因员工违法离职造成的损失

若员工未提前通知离职导致用人单位遭受损失（如临时招聘替代人员的费用、项目延误的违约金等），用人单位可依据《劳动合同法》第90条，要求员工赔偿实际损失。
操作建议：

• 保留损失证据（如招聘广告、合同违约金条款、财务支出凭证等）；
  
• 通过劳动仲裁主张赔偿，需注意仲裁时效为1年（自知道或应当知道权利受损之日起算）。

4. 特殊情形：员工“不辞而别”

若员工未办理任何手续直接离职，用人单位应：

• 立即停发工资、停缴社保：避免被认定为“默认继续履行合同”；
  
• 发送《解除劳动合同通知书》：明确因员工违法解除合同，双方劳动关系自离职日起解除；
  
• 办理退工手续：及时为员工办理社保转移、档案转移等，避免因拖延承担责任。

温馨提示：
用人单位在日常管理中应完善离职流程，要求员工签署《离职交接单》，明确已归还财物、完成工作交接、无未了结纠纷等，降低后续风险。若您需要具体操作指引或文书模板，可直接向我咨询，我会根据您的实际情况提供详细方案。