在撤销竣工验收备案的行政诉讼中，适用的是5年的起诉期限，而非20年。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与起诉期限
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条的规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
在撤销竣工验收备案的行政诉讼中，由于该行为并不直接涉及不动产的所有权或使用权等核心权益，因此并不适用二十年的最长起诉期限。相反，应当适用五年的最长起诉期限，即自竣工验收备案行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院将不予受理。
二、起诉期限的计算与中断
起诉期限的起算点：起诉期限通常自知道或者应当知道行政行为作出之日起计算。在竣工验收备案的情况下，如果当事人对备案行为有异议，应当自知道或应当知道该备案行为之日起六个月内提起诉讼。
起诉期限的中断：在特定情况下，如当事人向行政机关提出申请、行政机关承诺处理等，起诉期限可能会中断并重新计算。但这种情况并不常见，且需要具体证据支持。
三、实际案例与法律建议
在实际操作中，如果当事人对竣工验收备案行为有异议并希望提起行政诉讼，应当注意以下几点：
及时咨询律师：在知道或应当知道备案行为之日起，尽快咨询专业律师以了解自身权益和可能的法律途径。
准备充分证据：收集并整理与备案行为相关的所有证据，包括备案文件、沟通记录、现场照片等，以支持自己的诉讼请求。
注意起诉期限：确保在知道或应当知道备案行为之日起六个月内（且不超过五年）提起诉讼，以免因超过起诉期限而丧失诉讼权利。
四、特殊情况下的考虑
虽然一般情况下适用五年的起诉期限，但也有一些特殊情况需要考虑。例如，如果备案行为存在重大违法或明显不当的情形，且该行为对当事人的合法权益造成了严重损害，那么当事人可能会主张更长的起诉期限或寻求其他法律救济途径。然而，这种情况需要具体分析并依据相关法律法规进行判断。
总结来说，在撤销竣工验收备案的行政诉讼中，适用的是五年的起诉期限。当事人应当注意及时咨询律师、准备充分证据，并确保在起诉期限内提起诉讼。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。