行政诉讼中撤销竣工备案证书的案由，通常可归纳为行政机关作出的竣工备案行为存在违法或不当情形，具体可从以下几个角度分析：

1. 行政行为合法性审查

   • 法律依据缺失：若行政机关在作出竣工备案时，未依据《建设工程质量管理条例》第四十九条等明确规定，对建设单位提交的竣工验收报告、规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或准许使用文件进行审查，即直接予以备案，可能构成程序违法。
   • 超越职权或滥用职权：行政机关在备案过程中，若超出法定职权范围，如对不属于其管辖范围的工程进行备案，或基于不正当目的（如利益输送、地方保护等）作出备案决定，均可能构成撤销事由。
   • 事实认定错误：若行政机关在备案时，对工程是否实际完成竣工验收、是否存在质量问题等关键事实认定不清或错误，导致备案行为缺乏事实基础，亦可能被撤销。

2. 行政行为合理性审查

   • 显失公正：虽然行政行为在程序上合法，但若其结果明显不公正，如对存在严重质量问题的工程予以备案，可能因违反行政合理性原则而被撤销。不过，需注意的是，合理性审查通常较为严格，需有充分证据证明行政行为明显不当。

3. 具体案由示例

   • 案例一：建设单位未提交完整的竣工验收文件，行政机关未进行严格审查即予以备案。在此情况下，案由可表述为“行政机关未依法履行审查职责，违法作出竣工备案决定”。
   • 案例二：行政机关在备案过程中，与建设单位存在利益关联，导致备案行为缺乏公正性。案由可表述为“行政机关滥用职权，违法作出竣工备案决定”。
   • 案例三：工程实际未通过竣工验收，但行政机关基于错误事实认定予以备案。案由可表述为“行政机关事实认定错误，违法作出竣工备案决定”。

法律建议：

• 若您认为行政机关作出的竣工备案行为存在上述违法或不当情形，可依法向人民法院提起行政诉讼，请求撤销该备案行为。
• 在提起诉讼前，建议收集并整理相关证据材料，如竣工验收报告、行政机关的备案决定书、相关部门的认可文件等，以证明行政行为的违法性或不当性。
• 诉讼过程中，应充分阐述行政行为违法或不当的具体理由，并提供充分的法律依据和事实证据支持您的主张。

可能法律后果：

• 若法院经审理认为行政行为确实存在违法或不当情形，将依法判决撤销该备案行为，并可能责令行政机关重新作出行政行为。
• 若法院认为行政行为合法有效，则将驳回您的诉讼请求。此时，您需尊重法院判决，并考虑通过其他途径解决争议（如申请行政复议、与行政机关协商等）。