结论：公司扣除你上半夜工资的行为是否合理，需根据具体情况判断，若公司规章制度或劳动合同中有明确规定夜班期间擅自离岗可扣除相应工资，且该规定合法有效，则公司的行为可能合理；若没有此类规定或规定不合法，则公司的行为不合理。以下从不同角度为你详细分析：

一、公司规章制度与劳动合同的约定

1. 有明确规定且合法：如果公司的规章制度或者你与公司签订的劳动合同中明确规定，员工在上夜班期间擅自离岗，公司有权扣除其当班期间的全部或部分工资，并且该规章制度是经过民主程序制定、公示且内容合法的，那么公司扣除你上半夜工资的行为可能是合理的。因为员工有义务遵守公司的规章制度和劳动合同的约定，违反规定公司有权依据约定进行处理。
2. 无明确规定或规定不合法：如果公司规章制度或劳动合同中没有此类规定，或者规定本身不合法（例如规定过于苛刻、侵犯员工基本权益等），那么公司扣除你上半夜工资的行为就缺乏合法依据，是不合理的。

二、公司的处理方式是否符合法律规定

1. 扣除工资的合法性：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司扣除员工工资需要有合法合理的理由，并且扣除的金额不能超过法定限度。如果公司仅仅因为你下半夜偷跑回家就扣除你上半夜的工资，而没有其他合法合理的理由，那么这种扣除行为可能违反了法律规定。
2. 公司的举证责任：如果公司主张扣除你工资是合理的，那么公司需要承担举证责任，证明其扣除工资的行为符合公司规章制度、劳动合同的约定以及法律法规的规定。如果公司无法提供充分的证据证明其行为的合法性，那么其扣除工资的行为可能被认定为违法。

三、给你的建议

1. 与公司沟通：你可以先与公司进行沟通，了解公司扣除你工资的具体原因和依据，并要求公司提供相关的规章制度或劳动合同条款。如果公司无法提供合理的解释和依据，你可以向公司提出异议，要求公司恢复你的工资。
2. 申请劳动仲裁：如果与公司沟通无果，你可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的工资。在申请劳动仲裁时，你需要提供相关的证据证明公司扣除你工资的行为是不合理的，例如工作记录、考勤记录、工资条等。
3. 寻求法律援助：如果你对劳动仲裁的程序和规定不太了解，或者觉得自己无法有效维护自己的权益，你可以寻求法律援助，咨询专业的律师或法律机构，获取更详细的法律建议和帮助。

最后，劳动权益受到侵害时，及时采取措施维护自己的合法权益是非常重要的。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。