结论：公司要求员工签署“商业保险替代责任确认和承诺书”是否合法，需分情况讨论，核心取决于该文件是否违反法律强制性规定、是否损害员工合法权益，以及是否符合劳动合同法的程序要求。以下从三个角度展开分析：

1. 若文件内容涉及“以商业保险替代工伤保险”的，属于违法行为

根据《社会保险法》第33条及《工伤保险条例》第2条，工伤保险是用人单位的法定义务，具有强制性，不得通过任何形式免除或替代。若公司要求员工签署文件，承诺“放弃工伤保险，仅通过商业保险获得赔偿”，则该条款因违反法律强制性规定而无效。即使员工签字，公司仍需承担工伤保险责任，且可能面临劳动监察部门的处罚（如补缴社保、罚款等）。

2. 若文件内容为“补充商业保险的自愿参与确认”，则可能合法，但需满足程序要求

若公司为员工额外购买商业保险（如意外险、医疗险等），并要求员工签署文件确认“已知悉保险内容、自愿参与”，则需满足以下条件：

• 自愿性：员工有权选择是否参与，公司不得以不签文件为由拒绝录用、辞退或变相处罚员工；
  
• 内容合法：文件不得包含“免除公司法定责任”（如工伤赔偿）或“排除员工权利”（如放弃索赔权）的条款；
  
• 程序透明：公司需向员工明确说明保险条款、赔偿范围及与法定社保的区别，避免误导。
  

3. 若文件涉及“放弃追偿权”或“免除公司过失责任”，则部分或全部无效

根据《民法典》第497条，提供格式条款一方不合理免除自身责任、加重对方责任的条款无效。若文件中包含“员工承诺不因公司过错（如未提供安全防护）主张赔偿”等内容，则该条款因显失公平而无效，员工仍可依法维权。

实务建议

1. 员工角度：签署前仔细阅读条款，重点关注“是否涉及工伤保险替代”“是否放弃法定权利”等内容，如有疑问可要求公司解释或拒绝签署；
   
2. 公司角度：若需通过商业保险补充保障，建议单独签署《商业保险参与确认书》，明确保险性质为“补充福利”，避免与法定社保混淆。
   

如有具体文件内容或实际纠纷，可进一步向我提供细节，我会结合条款分析合法性及风险点。