结论：企业法人与经营者不一致时，因政府征迁导致的员工遣散费赔偿问题，原则上应由企业法人承担，但具体责任分配需根据企业性质、内部约定及实际情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、企业法人的责任
法律地位与责任：企业法人作为依法成立并具有独立法人资格的经济组织，以其全部财产对债务承担责任。在征迁过程中，若因政府行为导致企业无法继续经营，需要遣散员工，由此产生的遣散费属于企业债务范畴，原则上应由企业法人承担。
劳动合同关系：员工与企业之间存在劳动合同关系，企业作为用人单位，有义务按照劳动合同及法律法规的规定，支付员工因征迁导致的遣散费。这一责任不因企业法人或经营者的变更而免除。
二、经营者的责任
实际经营与决策：虽然经营者不直接等同于企业法人，但在实际经营过程中，经营者往往负责企业的日常管理和决策。若经营者因管理不善或决策失误导致企业面临征迁并需要遣散员工，从道德和实际责任角度，经营者可能需承担一定的连带责任或补偿责任。然而，这种责任并非法律上的直接责任，而是基于道德或内部约定的责任。
内部约定与责任分配：若企业法人与经营者之间存在内部约定，明确规定了因征迁导致的员工遣散费由经营者承担，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在实际操作中，可以按照约定进行责任分配。但需要注意的是，这种内部约定仅对企业法人和经营者具有约束力，不能对抗善意第三人（如员工）。
三、特殊情况下的责任分配
个人独资企业或合伙企业：对于个人独资企业或合伙企业，企业法人与经营者往往是同一主体或存在紧密的利益关联。在这种情况下，因政府征迁导致的员工遣散费可能由企业法人（即经营者）直接承担。
国有企业或集体企业：对于国有企业或集体企业，由于企业财产属于国家或集体所有，企业法人在征迁过程中可能需按照国家或集体的相关规定进行员工遣散费的支付。此时，经营者的责任可能相对较小或由国家或集体承担。
四、法律建议
明确责任主体：在征迁过程中，企业应明确责任主体，确保员工遣散费的支付有明确的承担方。若企业法人与经营者不一致，建议通过内部协议或合同明确责任分配。
遵守法律法规：企业在支付员工遣散费时，应严格遵守《劳动合同法》等相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。
及时沟通协商：在征迁过程中，企业应与员工及时沟通协商，就遣散费的支付标准、时间等事项达成一致意见，避免引发劳动争议。
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