结论：该行为是否合法需分情况讨论，关键在于是否符合税法规定及合伙协议约定，具体分析如下：

1. 发票开具与资金流向的合法性分析
   根据《发票管理办法》第十九条，销售商品或提供服务的单位/个人应向付款方开具发票。若车辆登记在车主（即名义购车人）名下，但实际由两名合伙人共同出资购买，此时发票抬头应为车主姓名，资金流向（合伙人向车主转账）本身不违法。但需注意：

   • 若合伙协议明确约定车辆为共有财产，车主仅是名义登记人，则需补充书面协议证明资金性质（如“代垫购车款”），避免被认定为车主个人借款或赠与；
     
   • 若未签订协议，税务机关可能以“发票抬头与付款方不一致”为由质疑交易真实性，要求补缴税款或罚款。

2. 税务合规风险点

   • 增值税层面：若车辆用于经营（如运输业务），合伙人作为实际使用方需取得合法抵扣凭证。若发票仅开给车主，合伙人无法直接抵扣进项税，可能需通过车主转开或签订租赁协议解决；
     
   • 个人所得税层面：若车辆产生收益（如运输收入），需按合伙协议分配利润。若资金先汇入车主账户再分配给合伙人，需保留完整流水记录，否则可能被认定为车主个人收入，需缴纳个人所得税。

3. 操作建议

   • 完善书面协议：签订《合伙购车协议》，明确车辆权属、资金比例、收益分配及税务承担方式，并公证或见证；
     
   • 规范资金流向：通过银行转账备注“合伙购车款”，避免现金交易；若需车主代收款项，可签订《委托收款协议》；
     
   • 税务处理优化：若车辆主要用于合伙经营，建议将发票抬头开为合伙企业（如有）或实际使用方，或通过车主向合伙人开具租赁发票（需缴纳增值税及附加税）。

总结：资金转给合伙人本身不违法，但需通过协议和资金记录证明交易真实性，并确保税务处理合规。建议根据实际经营模式调整发票开具及资金流向，降低法律风险。如有具体协议条款或交易细节需进一步分析，可随时向我咨询。