法人或股东不能代开自然人运输发票。下面我将对此进行详细分析：

一. 发票开具的基本原则

1. 发票的真实性和合法性：根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票的开具应当真实、合法，不得虚开或代开。这意味着发票的开具必须与实际交易相符，且由合法的开票人进行。
2. 开票人的身份要求：通常情况下，发票应由实际提供商品或服务的一方开具。对于运输服务来说，如果是由自然人提供的，那么发票应由该自然人开具，而不是由法人或股东代开。

二. 法人或股东代开发票的风险

1. 税务风险：如果法人或股东代开自然人运输发票，可能面临税务部门的查处，因为这种行为可能被视为虚开发票或逃税行为。这不仅会导致税务处罚，还可能影响企业的信誉和正常经营。
2. 法律风险：除了税务风险外，代开发票还可能涉及其他法律风险，如诈骗、合同欺诈等。如果因此引发法律纠纷，法人或股东可能需要承担相应的法律责任。

三. 正确的做法

1. 由自然人自行开具发票：如果运输服务是由自然人提供的，那么应由该自然人根据相关规定自行开具发票。
2. 合规的税务处理：企业和个人应遵守相关税务法规，确保发票的开具和税务处理合规。如果有任何疑问或不确定的地方，应及时咨询税务部门或专业律师。

综上所述，法人或股东不能代开自然人运输发票。这种做法不仅违反发票管理办法的规定，还可能带来税务和法律风险。我建议企业和个人应严格遵守相关法规，确保发票的开具和税务处理的合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。