企业法定代表人不能作为自然人申请代开发票。具体分析如下：

1. 企业纳税身份与开票资格：

   • 如果企业是小规模纳税人且尚未具备开票资格，可以申请税务局代开增值税普通发票。但这一申请是基于企业的身份，而非企业法定代表人的个人身份。
   • 如果企业本身已经具备开票资格，则不能到税务局代开增值税普通发票，而只能代开增值税专用发票。这同样是基于企业的纳税身份和开票资格，与个人无关。

2. 金税发票系统的使用规定：

   • 金税发票系统是为在税务机关注册的企业设计的，用于开具增值税发票。该系统不允许以个人名义开具增值税发票。
   • 因此，即使是企业法定代表人，也不能以个人名义通过金税发票系统开具或申请代开发票。

3. 发票开具的规范性与合规性：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，应当向收款方取得发票。
   • 发票的开具应当与实际业务相符，包括品名、金额以及付款方和收款方的信息。
   • 如果公司购货却以公司法定代表人的个人名义支付货款，这将导致物与款不一致，违反发票管理办法的规定。

4. 法律责任的明确：

   • 不符合规定的发票不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
   • 如果企业法定代表人以个人名义申请代开发票并用于企业业务，这不仅违反了发票管理办法，还可能引发税务风险和法律责任。

综上所述，企业法定代表人不能作为自然人申请代开发票。如有进一步需要，您可以继续咨询我。