结论：店长是否有权取消保底工资或扣罚款，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及旷工迟到的严重程度等因素。以下是对此问题的详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 如果公司有明确的规章制度，且该制度中规定了员工旷工迟到的处理方式，包括取消保底工资或扣罚款等，那么店长在遵循这些规定的前提下，是有权进行相应处理的。
- 但需要注意的是，公司规章制度必须合法合规，且已经过民主程序制定并公示，否则可能无法作为处理员工的依据。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定双方权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确规定了员工旷工迟到的处理方式，那么店长应按照合同约定执行。
- 如果劳动合同中没有明确规定，但公司规章制度中有相关规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么店长也可以参照规章制度进行处理。
二、旷工迟到的严重程度
轻微旷工迟到：
- 如果员工只是偶尔旷工迟到，且情节轻微，未对公司造成重大损失或影响，那么店长可能无权直接取消保底工资或扣罚款。此时，店长可以采取警告、批评教育等方式进行处理。
严重旷工迟到：
- 如果员工经常无故旷工迟到，且情节严重，已经对公司造成了重大损失或影响，那么店长有权根据公司规章制度或劳动合同约定，取消保底工资或扣罚款。但需要注意的是，扣罚款的金额应合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
三、法律法规的强制性规定
最低工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，员工在法定工作时间内提供了正常劳动的，公司应支付不低于当地最低工资标准的工资。因此，店长在取消保底工资或扣罚款时，应确保员工的实际工资不低于最低工资标准。
罚款限制：
- 根据相关法律法规，公司对员工进行罚款时，应遵守一定的限制和程序。例如，罚款金额应合理，且不得超过员工当月工资的20%（具体比例可能因地区而异）。此外，公司还应告知员工罚款的原因和依据，并允许员工进行申诉。
四、建议与措施
完善公司规章制度：
- 公司应制定完善、合法合规的规章制度，明确员工旷工迟到的处理方式，并经过民主程序制定并公示。
加强劳动合同管理：
- 在签订劳动合同时，公司应明确约定员工旷工迟到的处理方式，以避免后续纠纷。
合理处理旷工迟到行为：
- 店长在处理员工旷工迟到行为时，应根据公司规章制度和劳动合同约定进行合理处理，确保既维护公司利益，又保障员工权益。
寻求法律帮助：
- 如果店长在处理员工旷工迟到行为时遇到法律难题或纠纷，可以寻求专业律师的法律帮助，以确保处理方式的合法性和合规性。
示例说明：假设某公司规章制度中明确规定，员工每月旷工迟到超过3次，将取消当月保底工资。某员工在一个月内旷工迟到了4次，那么店长有权根据公司规章制度取消该员工当月的保底工资。但需要注意的是，取消保底工资后，员工的实际工资仍应不低于当地最低工资标准。
后续行动建议：如果您作为店长或员工，在处理旷工迟到行为时遇到法律难题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。