首先明确结论：公司不能“巧妙”地违法驳回员工续签合同的申请。劳动合同到期，员工提出续签，公司若不愿意签，必须遵循法律规定进行合法操作，否则可能面临法律风险。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同到期，除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，劳动合同终止用人单位应当向劳动者支付经济补偿。这意味着，如果公司不愿意续签合同，且不符合上述例外情形，公司需要向员工支付经济补偿。
二、公司合法操作方式
直接告知不续签：公司可以明确告知员工，由于某些原因（如公司经营状况、岗位调整等），公司决定不续签劳动合同。此时，公司应按照法律规定向员工支付经济补偿。
协商不续签：公司也可以与员工进行协商，尝试达成不续签的共识。在协商过程中，公司可以说明不续签的原因，并听取员工的意见。如果双方能够达成一致，可以签订不续签协议，并明确经济补偿等事宜。
三、公司违法操作的风险
违法解除劳动合同的风险：如果公司试图通过不正当手段（如虚构理由、威胁等）迫使员工不续签合同，或者未经协商直接拒绝续签且不支付经济补偿，可能构成违法解除劳动合同。根据法律规定，公司可能需要支付赔偿金，赔偿金的标准通常是经济补偿的两倍。
劳动仲裁和诉讼的风险：如果员工对公司的不续签决定不满，可能会向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，公司需要承担举证责任，证明其不续签决定的合法性。如果公司无法提供充分证据，可能会面临败诉的风险。
四、建议与措施
提前规划：公司应在劳动合同到期前，对员工的续签意愿进行评估，并根据公司实际情况做出决策。如果决定不续签，应提前与员工沟通，并准备好经济补偿等事宜。
合法操作：公司应严格遵守法律规定，避免采取违法手段迫使员工不续签合同。在协商过程中，应保持诚信和公平，尊重员工的权益。
完善制度：公司可以建立完善的劳动合同管理制度，明确劳动合同的签订、续签、解除等流程，以及经济补偿的计算和支付方式等，以降低法律风险。
最后需要强调的是，公司不能试图通过“巧妙”的方式违法驳回员工续签合同的申请。作为用人单位，公司应遵守法律规定，尊重员工的权益，以合法、公平、诚信的方式处理劳动合同到期和续签事宜。如果你还有其他关于合同纠纷或劳动工伤方面的问题，可以直接向我咨询。