结论：政府采购中使用ISO证书作为评分项是否合法，需结合具体情形判断，但通常需满足一定条件才合法合规。以下从不同角度进行分析：
一、合法性分析
符合政府采购法原则：
- 根据《中华人民共和国政府采购法》及相关规定，政府采购应当遵循公开透明原则、公平竞争原则、公正原则和诚实信用原则。若使用ISO证书作为评分项能够体现供应商的实力、信誉或产品质量，且该证书与采购项目的具体需求和实际履行能力密切相关，那么这种做法在原则上是可行的。
与采购项目直接相关：
- ISO证书作为评分项，必须与采购项目的具体需求和实际履行能力直接相关。例如，在采购需要符合特定质量标准的产品或服务时，要求供应商具备相应的ISO质量管理体系认证证书是合理的。
不构成歧视性或排他性条款：
- 使用ISO证书作为评分项时，需确保该要求不构成对供应商的歧视性或排他性条款。即，该要求应适用于所有潜在供应商，且不应设置不合理的门槛或限制条件，导致某些供应商因无法获得ISO证书而被排除在竞争之外。
二、可能存在的法律风险
违反公平竞争原则：
- 如果ISO证书的要求与采购项目的实际需求不直接相关，或者设置该要求的目的在于限制竞争、保护特定供应商，那么这种做法可能违反政府采购法的公平竞争原则。
构成不合理条件：
- 根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第二十条的规定，采购人或者采购代理机构不得以不合理的条件对供应商实行差别待遇或者歧视待遇。如果ISO证书的要求被认定为不合理条件，那么该做法将构成违法。
三、合规建议
明确采购需求：
- 在制定采购文件时，应明确采购项目的具体需求和实际履行能力要求，确保ISO证书的要求与这些需求直接相关。
合理设置评分标准：
- 在设置评分标准时，应综合考虑供应商的实力、信誉、产品质量、服务水平等多个方面，避免过度依赖ISO证书等单一指标。
加强审查与监督：
- 采购人或采购代理机构应加强对采购文件的审查与监督，确保评分标准的合法性和合规性。同时，应接受财政部门的监督检查，对违法违规行为进行及时纠正和处理。
进一步思考：在实际操作中，政府采购中使用ISO证书作为评分项的情况较为复杂。因此，建议采购人在制定采购文件时，充分咨询法律专业人士的意见，确保评分标准的合法性和合规性。同时，供应商在参与政府采购活动时，也应仔细审查采购文件中的评分标准，确保自身权益不受侵害。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。