针对您提出的“办理入职时用了妹妹的证件，发现后应该如何处理”的问题，这确实是一个需要谨慎对待的情况。首先，我要明确指出，使用他人证件办理入职是违反法律法规和职业道德的行为，这不仅可能对您和您的妹妹造成法律风险，还可能对您的职业生涯产生严重的负面影响。
一旦发现使用了妹妹的证件办理入职，您应该立即采取以下措施：
停止使用并归还证件：
- 立即停止使用妹妹的证件进行任何与入职相关的活动。
- 将证件安全、及时地归还给妹妹，确保她能够正常使用自己的证件。
向公司坦白并说明情况：
- 尽快与公司的人力资源部门或相关负责人取得联系，坦诚地说明您使用了妹妹的证件办理入职的情况。
- 解释您这样做的原因（尽管这并不构成合理的理由），并表达您的歉意和改正的决心。
配合公司处理并承担责任：
- 根据公司的要求和规定，配合进行相关的调查和处理工作。
- 如果公司因此遭受了任何损失或面临法律风险，您应主动承担相应的责任，并尽力弥补损失。
重新办理入职手续：
- 在公司同意的情况下，使用您自己的真实证件重新办理入职手续。
- 确保所有提交的资料和信息都是真实、准确、完整的。
吸取教训并加强法律意识：
- 从这次经历中吸取教训，认识到使用他人证件的严重性和后果。
- 加强法律意识，遵守法律法规和职业道德规范，避免类似情况再次发生。
额外提醒：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。因此，您有权拒绝任何单位或个人扣押您的证件原件。
- 如果公司因此事对您进行不公正的处理或解雇，您可以考虑向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总之，使用他人证件办理入职是错误的行为，一旦发现应立即停止并采取措施进行纠正。希望您能够认真对待这个问题，积极配合公司的处理工作，并从中吸取教训，加强法律意识，避免类似情况再次发生。