当公司与员工发生劳动争议后公司被注销，在立案时，案由通常应确定为与劳动争议相关的案由，但需结合具体情况来明确具体的法律关系和诉讼请求。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动争议的基本案由：

   • 在公司与员工之间原本存在的劳动争议中，常见的案由包括劳动合同纠纷、工资争议、福利争议、解除劳动合同争议等。这些案由都是基于劳动关系产生的，因此，在立案时，如果劳动争议尚未解决而公司被注销，原则上仍应围绕这些基本的劳动争议案由来确定。

2. 公司注销后的法律后果：

   • 公司注销意味着其法人资格的消灭，即公司作为法律主体的不复存在。然而，这并不意味着与公司相关的法律责任和义务也随之消失。特别是当公司注销前存在未解决的劳动争议时，这些争议并不会因公司的注销而自动消失。
   • 在公司注销后，如果其财产不足以清偿债务，包括劳动争议中的债务，那么根据相关法律规定，公司的股东、发起人或者出资人可能需要在其认缴的出资额或认购的股份范围内承担清偿责任。

3. 立案时的具体操作：

   • 在立案时，除了确定基本的劳动争议案由外，还需要考虑公司注销这一特殊情况。如果公司已经注销，且其财产不足以清偿债务，那么可能需要将公司的股东、发起人或者出资人列为共同被告，要求他们在其认缴的出资额或认购的股份范围内承担清偿责任。
   • 此外，如果劳动争议涉及的是公司注销前的违法行为（如未依法支付工资、未依法缴纳社会保险等），那么还可以考虑以公司的相关责任人员（如法定代表人、直接负责的主管人员等）为被告，要求他们承担相应的法律责任。

4. 实际操作中的建议：

   • 在立案前，建议先对公司注销的情况进行详细的调查和了解，包括公司的注销原因、注销时间、注销前的财务状况等。这些信息将有助于确定具体的案由和诉讼请求。
   • 同时，建议咨询专业的律师或法律机构，以获取更具体和专业的法律建议。他们可以根据你的具体情况和当地的法律法规，为你提供更准确的立案指导和法律支持。

总结来说，当公司与员工发生劳动争议后公司被注销，在立案时，应首先确定基本的劳动争议案由，并结合公司注销的具体情况来明确具体的法律关系和诉讼请求。如有需要，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。