在农村建房施工合同纠纷中，关于施工质量问题鉴定费的承担责任主体，通常需根据合同约定、双方过错程度以及法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
合同有明确约定的情况：
- 如果农村建房施工合同中明确约定了因施工质量问题产生鉴定费时的承担主体，那么应当遵循合同约定。例如，合同中可能规定“若因施工质量问题引发争议，鉴定费由责任方承担”，在此情况下，若经鉴定确认存在施工质量问题，则鉴定费应由施工方承担；若鉴定结果显示施工质量符合合同要求，则鉴定费可能由发包方承担。
合同无明确约定的情况：
- 根据过错程度分担：在合同没有明确约定的情况下，鉴定费的承担通常与双方的过错程度相关。如果施工质量问题完全是由于施工方的过错导致的，那么鉴定费应由施工方承担。反之，如果发包方在施工过程中存在不当指示或未按照合同约定提供必要条件等过错，导致施工质量问题争议，那么发包方也可能需要承担部分或全部鉴定费。
- 法院或仲裁机构的裁量：在双方均有过错或过错程度难以确定的情况下，法院或仲裁机构可能会根据案件的具体情况，如双方的经济状况、争议产生的原因等，来裁量鉴定费的承担比例。这种情况下，鉴定费的分担可能更加灵活和复杂。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于合同纠纷的相关规定，当事人应当遵循诚实信用原则，按照合同约定履行自己的义务。在合同没有约定或约定不明确的情况下，可以参照行业惯例或交易习惯来确定鉴定费的承担。同时，如果因一方过错导致另一方产生额外费用（如鉴定费），过错方应当承担相应的赔偿责任。
建议：
- 在签订农村建房施工合同时，双方应尽可能明确约定因施工质量问题产生鉴定费时的承担主体和分担方式，以避免后续争议。
- 在施工过程中，双方应严格按照合同约定履行自己的义务，确保施工质量符合合同要求，减少争议的发生。
- 若发生争议并需要进行鉴定时，双方应积极配合鉴定工作，并保留好相关证据材料，以便在后续的法律程序中维护自己的合法权益。
后续行动：
- 如果您正面临农村建房施工合同纠纷中的施工质量问题鉴定费承担问题，建议您先仔细审查合同条款，了解双方的权利和义务。
- 若合同无明确约定或约定不明确，您可以考虑与对方协商解决；若协商无果，您可以寻求法律途径解决争议，并准备好相关证据材料以支持您的主张。
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