结论前置：针对单位董事长安排发工资而院长不同意的情况，这主要涉及到公司内部管理权限和决策流程的问题，具体处理方式需依据公司章程、相关法律法规以及双方的具体争议点来确定。以下是从不同角度进行的分析和建议：
公司内部管理权限与决策流程：
- 公司章程与规章制度：首先，应查阅公司章程及相关的规章制度，明确董事长和院长在公司中的职责和权限。如果公司章程或规章制度中明确规定了工资发放的决策流程或相关权限归属，那么应依据这些规定来处理。
- 决策流程：若公司章程或规章制度未明确规定，则需考虑公司内部的决策流程。通常，工资发放等财务决策可能涉及董事会或股东会的决议。在这种情况下，董事长作为董事会的负责人，其安排发工资的决策可能需要经过董事会或股东会的审议和批准。如果院长作为公司高管或部门负责人，对工资发放有异议，应通过正当渠道提出，并参与决策过程。
双方争议点与协商解决：
- 争议点：了解双方争议的具体点，是工资数额、发放时间、发放方式还是其他方面。明确争议点有助于找到解决问题的关键。
- 协商解决：在明确争议点后，建议双方进行协商，寻求共识。协商过程中，可以邀请公司法务或外部律师参与，提供法律意见和调解服务。通过协商，双方可以达成妥协或找到双方都能接受的解决方案。
法律途径与救济措施：
- 法律途径：如果协商无果，且争议涉及法律权益，双方可以考虑通过法律途径解决。例如，如果院长认为董事长的决策违反了公司章程、法律法规或侵犯了其合法权益，可以向法院提起诉讼或申请仲裁。
- 救济措施：在法律途径中，法院或仲裁机构将根据事实和法律进行裁决。如果裁决支持院长的诉求，董事长可能需要承担相应的法律责任，如撤销决策、赔偿损失等。
预防与合规建议：
- 完善公司章程与规章制度：为避免类似争议的发生，公司应完善章程和规章制度，明确各岗位的职责和权限，以及决策流程和争议解决机制。
- 加强内部沟通与培训：公司应加强内部沟通，确保员工了解公司决策流程和规章制度。同时，定期对员工进行法律培训，提高员工的法律意识和合规意识。
进一步思考：在处理此类争议时，除了考虑法律因素外，还应考虑公司的整体利益和长远发展。通过协商和调解解决争议，有助于维护公司的稳定和团结。如果争议无法通过协商解决，再考虑通过法律途径解决，并确保在法律程序中充分维护公司的合法权益。
最后建议：如果您或您的公司面临类似的问题，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律意见和解决方案。