结论：公司要求查询个人流水是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
公司是否有权查询员工个人流水
- 一般情况：在劳动关系中，公司通常无权直接查询员工的个人银行流水。员工的银行流水属于个人隐私信息，受到法律保护。公司若未经员工同意，擅自查询或获取其个人银行流水，可能构成对员工隐私权的侵犯。
- 特殊情况：如果公司因特定原因（如涉嫌贪污、挪用资金等违法行为）需要调查员工，且这种调查得到了法律授权（如通过司法机关进行），或者员工在入职时已明确同意公司有权在特定情况下查询其个人流水（如作为入职条件之一，且该条件不违反法律法规的强制性规定），那么公司可能在一定程度上有权查询。但即便如此，也需严格遵守法律程序和规定。
公司要求查询个人流水的合法途径
- 员工自愿提供：如果员工出于自愿，同意公司查询其个人流水，那么这种行为是合法的。但公司应确保员工的同意是真实、自愿的，且没有受到任何胁迫或误导。
- 法律程序：如果公司因涉嫌违法行为需要调查员工，应通过法律程序进行，如向司法机关申请调查令等。在这种情况下，公司需配合司法机关的工作，并遵守相关法律法规的规定。
公司非法查询个人流水的法律后果
- 侵犯隐私权：如果公司未经员工同意，擅自查询或获取其个人银行流水，可能构成对员工隐私权的侵犯。员工有权要求公司停止侵权行为，并可能因此获得赔偿。
- 行政处罚：如果公司的行为违反了相关法律法规的规定，如未经许可收集、使用个人信息等，可能面临行政处罚，如罚款、责令改正等。
- 刑事责任：在极端情况下，如果公司的行为构成了犯罪（如非法获取公民个人信息罪等），相关责任人员可能面临刑事责任。
建议：
- 对于员工而言，如果公司要求查询个人流水，应首先了解公司的目的和依据。如果认为公司的要求不合理或侵犯了自己的隐私权，可以拒绝提供，并考虑向相关部门投诉或寻求法律帮助。
- 对于公司而言，应尊重员工的隐私权和个人信息保护权。在需要调查员工时，应通过合法途径进行，并遵守相关法律法规的规定。同时，公司可以加强内部管理，完善相关制度，以预防类似纠纷的发生。
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