结论前置：公司私自查询个人银行流水，在未经合法授权或法定程序的情况下，通常是不合法的。但在特定情况下，如员工明确授权或依法定程序要求，公司查询行为可视为合法。以下是对这一问题的详细分析：

一、私自查询的违法性

1. 民事法律层面：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人的个人信息受法律保护，任何组织或个人不得非法收集、使用、加工、传输他人个人信息。银行流水作为个人敏感信息的一部分，包含了大量的个人财务状况和交易记录，属于个人隐私的范畴。公司未经员工同意私自查询其银行流水，可能构成对员工隐私权和个人信息权益的侵害。在这种情况下，员工有权要求公司承担停止侵害、排除妨碍、消除影响、赔礼道歉及赔偿损失等民事责任。

2. 刑事法律层面：

   • 若公司通过非法手段（如窃取密码、贿赂银行工作人员）获取员工银行流水，且情节严重，还可能触犯刑法中的侵犯公民个人信息罪。根据该罪名规定，非法获取、出售或者提供公民个人信息，情节严重的行为将被追究刑事责任。这不仅会对公司造成严重的法律后果，还会对相关责任人员产生严重的个人影响。

二、合法查询的情形

1. 员工明确授权同意：

   • 在某些合理情况下，如员工申请公司内部财务借款、报销等事项时，若员工以书面等明确方式授权公司查询其银行流水，则公司的查询行为是合法的。这种授权应基于自愿原则，并确保员工的知情权得到保障。员工在授权前应仔细阅读相关条款，了解授权的范围和目的，确保自己的权益不受侵害。

2. 法律程序要求：

   • 当公司涉及法律纠纷，司法机关（如法院、检察院、公安机关）因办案需要，依照法定程序向银行发出协助查询通知书等法律文书时，银行会依法配合提供相关信息。在此情况下，公司基于司法机关的要求获取员工银行流水信息是合法的。但公司应确保查询行为的合法性和正当性，不得将获取的信息用于其他非法目的。

三、员工权益保护与应对措施

• 重视个人隐私保护：员工应时刻牢记个人隐私的重要性，避免随意授权他人查询自己的银行流水。在授权前，应仔细了解授权的范围和目的，确保自己的权益不受侵害。
• 及时沟通协商：如发现公司未经合法授权或法定程序查询自己的银行流水，员工应先与公司沟通，要求其停止侵权行为，并说明相关法律法规和自己的权益。
• 采取法律措施：若协商无果，员工可通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起民事诉讼等方式维护自身合法权益。在采取法律措施前，员工应收集相关证据，如银行流水记录、公司查询行为的证明等，以便在诉讼或仲裁中证明自己的权益受到侵害。

综上所述，公司私自查询个人银行流水在大多数情况下是不合法的，除非符合特定的合法情形。员工应了解自己的权益，并在必要时采取适当的措施保护自己的隐私。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。