公司查流水是否合法，需根据具体情况来判断，关键在于查询的合法性、正当性、必要性以及是否获得了员工的同意。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法查询的情形
员工明确授权同意：
- 在某些合理情况下，如员工申请公司内部财务借款、报销等事项，或公司基于内部控制和监管要求（如上市审计），若员工以书面等明确方式授权公司查询其银行流水，则公司的查询行为是合法的。这种授权应基于自愿原则，并确保员工的知情权得到保障。
法律程序要求：
- 当公司涉及法律纠纷，司法机关（如法院、检察院、公安机关）因办案需要，依照法定程序向银行发出协助查询通知书等法律文书时，银行会依法配合提供相关信息。在此情况下，公司基于司法机关的要求获取员工银行流水信息是合法的。
特定岗位员工的合理性：
- 对于财务、采购、销售等关键岗位的员工，由于其直接参与公司资金运作和业务交易，查看其银行流水对于确保公司财务数据真实性和排查违规行为（如关联交易非关联化、资金占用、商业贿赂等）具有合理性。但这种查询应基于公司内部控制和监管要求，且需遵循合法合规的程序，如取得员工的书面同意，并严格按照规定和约定的范围、方式使用员工银行流水信息。
二、违法查询的情形
未经员工同意私自查询：
- 银行流水包含大量个人隐私信息，公司未经员工同意私自查询，可能构成对员工隐私权和个人信息权益的侵害。根据《中华人民共和国民法典》，自然人的个人信息受法律保护，任何组织或个人不得非法收集、使用、加工、传输他人个人信息。员工有权要求公司承担停止侵害、排除妨碍、消除影响、赔礼道歉及赔偿损失等民事责任。
通过非法手段获取：
- 若公司通过非法手段（如窃取密码、贿赂银行工作人员）获取员工银行流水，且情节严重，可能触犯刑法中的侵犯公民个人信息罪。根据该罪名规定，非法获取、出售或者提供公民个人信息，情节严重的行为将被追究刑事责任。
随意扩大查询范围：
- 特别是对于与公司资金和核心业务没有直接关联的岗位员工，要求查看其银行流水缺乏合理依据，若公司随意扩大查询范围，将构成对员工隐私权的侵犯。
三、员工权益保护与应对措施
- 了解自身权益：员工应了解自己的隐私权和个人信息受法律保护的权益，避免随意授权他人查询自己的银行流水。
- 与公司沟通协商：如发现公司未经合法授权或法定程序查询自己的银行流水，员工应先与公司沟通，要求其停止侵权行为。
- 法律途径维权：若协商无果，员工可通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起民事诉讼等方式维护自身合法权益。
总结来说，公司查流水是否合法，需根据查询的合法性、正当性、必要性以及是否获得了员工的同意来判断。员工应了解自己的权益，并在必要时采取适当的措施保护自己的隐私和个人信息。如果您在公司查流水方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。