公司是否会查询员工流水，以及这一行为是否违法，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、一般情况下，公司未经授权查询员工流水违法
侵犯隐私权：
- 无论是银行流水还是微信流水，都包含了员工的个人财务信息，如交易金额、交易对象等，这些信息属于个人隐私范畴。根据《中华人民共和国民法典》第一千零三十二条，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。因此，公司未经员工明确同意，擅自查询其流水，构成对员工隐私权的侵犯。
侵犯个人信息权益：
- 流水信息也是个人信息的一部分。《中华人民共和国民法典》第一千零三十四条明确规定，自然人的个人信息受法律保护。个人信息中的私密信息，适用有关隐私权的规定。公司擅自获取员工流水，违反了相关法律规定，侵害了员工的个人信息权益。
法律后果：
- 如果公司侵犯了员工的隐私权或个人信息权益，员工有权向相关部门投诉或报案，责任人可能面临法律处罚。同时，员工还可以通过协商、仲裁或诉讼等方式来维护自己的权益，要求公司承担侵权责任。
二、特殊情况下，公司查询员工流水可能不违法
员工授权：
- 如果员工出于合理目的（如薪资纠纷解决、财务审计配合等），以书面等合法形式明确授权公司查询其流水，公司在授权范围内可以获取相应信息。这种情况下，公司的查询行为是合法的。
配合司法机关调查：
- 如果司法机关因办理案件需要，依法要求公司协助提供员工的流水信息，公司按照司法程序和要求予以配合，则这种行为也是合法的。
三、公司应遵守的法律原则与操作建议
尊重隐私权：
- 公司应严格遵守法律法规，尊重并保护员工的隐私权，不得擅自查询或泄露员工的流水信息。
合法合规操作：
- 如需了解员工的财务状况或进行其他相关调查，公司应通过合法、正当的途径进行，如与员工协商、请求司法机关协助等。避免采取非法手段获取员工信息，以免引发法律纠纷。
加强内部管理：
- 公司应建立健全内部管理制度，确保员工个人信息的安全和保密。对涉及员工个人信息的查询、使用等环节进行严格监管，防止因管理不善导致的信息泄露风险。
总结与建议：
- 在一般情况下，公司未经员工同意私自查询流水是违法的，侵犯了员工的隐私权和个人信息权益。
- 如果公司确实需要查询员工流水，应确保获得员工的明确授权或配合司法机关的调查要求。
- 公司应加强内部管理，尊重并保护员工的隐私权和个人信息权益，避免引发不必要的法律纠纷。
如果您对公司查询员工流水的行为有进一步的疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。