针对您提出的问题，结论是：劳动仲裁应针对实际用工单位，即与您存在事实劳动关系的公司进行，而非仅根据打卡或发工资的公司来决定。以下从不同角度为您详细分析：

一、劳动关系认定是关键

在劳动仲裁中，劳动关系的认定是核心。根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，劳动关系的认定主要依据以下几个方面：

1. 用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格：即公司应具备合法用工主体资格，劳动者应具备劳动能力。
2. 用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动：这包括打卡、考勤、工作安排、工资支付等。
3. 劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分：即劳动者的工作内容应与公司业务相关。

在您的情况下，虽然打卡和发工资可能涉及两个不同的公司，但关键在于哪个公司与您存在事实上的劳动关系。如果其中一个公司实际对您进行劳动管理、安排工作并支付工资，那么该公司应被视为实际用工单位，是劳动仲裁的合适对象。

二、打卡与发工资公司的角色分析

1. 打卡公司：如果打卡公司仅负责记录考勤，而并未对您进行实际的劳动管理、工作安排或支付工资，那么该公司可能并非实际用工单位。
2. 发工资公司：发工资公司虽然支付了您的劳动报酬，但如果并未对您进行劳动管理或安排工作，那么该公司也可能并非实际用工单位。然而，在实际情况中，发工资公司往往与实际用工单位存在关联，可能是同一公司的不同部门或关联公司。

特殊情况：如果打卡公司和发工资公司存在关联关系，且共同对您进行劳动管理、安排工作并支付工资，那么您可能需要将这两家公司作为共同被申请人提起劳动仲裁。

三、实际操作建议

1. 收集证据：在提起劳动仲裁前，您应收集与劳动关系相关的证据，如劳动合同、工作证、考勤记录、工资支付记录等。这些证据将有助于证明您与哪个公司存在事实上的劳动关系。
2. 咨询专业律师：由于劳动仲裁涉及复杂的法律关系和证据收集，建议您在提起劳动仲裁前咨询专业律师。律师将根据您的具体情况提供法律建议，并帮助您准备仲裁材料。
3. 提起劳动仲裁：在确认实际用工单位后，您可以向当地劳动仲裁委员会提起劳动仲裁申请。在申请中，您应明确被申请人、仲裁请求和事实理由，并提交相关证据材料。

四、可能面临的法律后果

如果劳动仲裁委员会认定您与某个公司存在劳动关系，并支持了您的仲裁请求，那么该公司将需要承担相应的法律责任，如支付拖欠的工资、经济补偿金等。如果仲裁请求未得到支持，您还可以考虑向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。

最后，我建议您根据自己的实际情况收集证据并咨询专业律师，以便更准确地确定劳动仲裁的对象并维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。