结论前置：超市已经过户给对方后，协议是否还有用，这主要取决于协议的具体内容、目的以及过户后的实际情况。以下从几个角度进行分析：
协议内容与过户目的：
- 如果协议中明确规定了过户后的某些权利义务关系，比如租金支付、管理责任、维修义务等，那么即使超市已经过户，这些条款仍然对双方具有约束力。因为协议是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，所以其效力不受过户行为的影响。
- 如果协议的主要目的是完成超市的过户，且过户后双方没有其他约定，那么协议在过户完成后可能就失去了其主要的法律意义。但这并不意味着协议完全无效，如果协议中有关于违约责任、争议解决等条款，这些条款在符合法律规定的情况下仍然有效。
过户后的实际情况：
- 如果过户后，双方仍然按照协议中的某些条款进行合作或交易，比如一方继续支付租金给另一方，那么这些条款实际上仍然在被执行，因此协议在这些方面仍然有用。
- 如果过户后，双方因为某些原因（如市场变化、经营策略调整等）决定不再履行协议中的某些条款，那么这并不意味着协议无效，而是双方可能通过协商或法律途径来变更或解除这些条款。
法律后果与风险：
- 如果一方违反协议中的条款，即使超市已经过户，另一方仍然有权依据协议要求违约方承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
- 需要注意的是，如果协议中的某些条款违反了法律法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，那么这些条款可能是无效的。但这并不影响协议中其他合法条款的效力。
建议：
- 如果你对协议的具体内容或效力有疑问，建议仔细审查协议条款，并咨询专业律师（即我本人，易德铭律师，专注于婚姻家庭、离婚、拆迁安置、民间借贷、房产纠纷、合同纠纷、刑事辩护、遗产继承领域）进行法律分析。
- 如果协议中涉及的权利义务关系仍然重要，且双方有意继续履行，建议签订补充协议以明确双方的权利义务，避免未来产生纠纷。
- 如果协议已经无法履行或双方同意解除，建议按照协议中的约定或法律规定进行解除，并处理好相关的善后事宜，如财产返还、损失赔偿等。
进一步思考：在房产交易中，协议的效力往往与交易的目的、条款的合法性以及双方的履行情况密切相关。因此，在签订协议时，务必确保协议内容明确、合法，并充分考虑未来可能出现的各种情况。如果遇到法律问题或纠纷，及时咨询专业律师是明智的选择。