结论前置：针对您跟房东签了三年合同，房东中途收房且合同违约金是1000元，而您不同意的情况，您有权要求房东继续履行合同或要求其承担违约责任，并可以就违约金过低的问题向法院或仲裁机构申请调整。
详细分析：
合同效力与房东行为：
- 您与房东签订的三年租赁合同是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，因此该合同是合法有效的。
- 房东中途收房的行为构成了违约，因为房东没有按照合同约定的期限和条件履行其出租房屋的义务。
您的权利：
- 要求继续履行合同：您有权要求房东继续履行合同，即继续出租房屋给您使用，直到合同期满。
- 要求承担违约责任：如果房东坚持要收房，您有权要求房东承担违约责任，包括支付违约金和赔偿因违约给您造成的损失。
违约金问题：
- 合同中约定的违约金是1000元，但如果您认为这个违约金数额过低，无法弥补您因房东违约而遭受的损失，您可以向法院或仲裁机构申请调整违约金数额。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。
具体操作建议：
- 与房东协商：首先，您可以尝试与房东进行协商，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案，比如房东支付更高的违约金或您提前搬离但房东给予一定的补偿。
- 发送律师函：如果协商无果，您可以考虑委托律师向房东发送律师函，明确告知房东其违约行为及您将采取的法律措施，以促使房东主动履行合同或承担违约责任。
- 提起诉讼或仲裁：如果房东仍然拒绝履行合同或承担违约责任，您可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求房东继续履行合同或支付违约金及赔偿损失。
示例说明：
假设您因房东中途收房而不得不提前搬离，并因此支付了额外的搬家费用、临时住宿费用等，这些费用都可以作为您因房东违约而遭受的损失向房东主张。如果合同中约定的1000元违约金无法覆盖这些损失，您就可以向法院或仲裁机构申请调整违约金数额。
后续行动建议：
- 保留好与房东签订的租赁合同、支付租金的凭证、与房东沟通的记录等证据材料，以备不时之需。
- 在采取任何法律行动之前，建议您先咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到最大程度的保护。
如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。