针对您提出的“租房子签了五年合同住了三年房东要扣违约金怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、明确违约责任与合同条款
首先，您需要仔细查阅与房东签订的五年租赁合同，特别是关于违约责任和押金处置的条款。合同中通常会明确列出在何种情况下房东或租户需要承担违约责任，以及具体的违约金数额或计算方式。如果合同中明确规定了房东在提前收回房屋时需要支付违约金，或者租户在提前解约时需要承担的违约责任，那么这些条款将是您维权的重要依据。
二、分析房东扣违约金的合理性
合同约定：如果合同中明确规定了房东在提前收回房屋时有权扣除违约金，并且您作为租户在签订合同时已经同意了这一条款，那么房东的行为在合同层面上是具有合理性的。但您仍有权要求房东按照合同约定的方式和数额来扣除违约金，而不是随意增加。
实际损失：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约方应赔偿对方因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到的损失。因此，如果房东要求扣除的违约金数额过高，超出了其实际损失的范围，您有权向法院或仲裁机构申请调整违约金金额。
三、与房东协商解决
诚恳沟通：建议您主动与房东进行诚恳的沟通，解释您提前解约的原因（如工作变动、家庭紧急情况等），并表达您对房东可能因此遭受的损失的理解。通过友好协商，双方可能能够达成一个互相接受的解决方案。
提出替代方案：您可以提议帮助房东寻找新的租户，以减少房东因空置期而产生的损失。如果新租户的租赁条件不低于原合同，房东可能会考虑同意提前解除合同，并减免部分或全部违约金。
四、保留相关证据并寻求法律支持
保留证据：在处理此类问题时，务必保留好租赁合同、沟通记录（如聊天记录、通话录音等）、损失证明（如搬迁费用收据等）等相关证据。这些证据将在您维权过程中发挥重要作用。
寻求法律支持：如果与房东的协商无果，您可以考虑寻求第三方调解（如居委会、村委会或房地产中介机构）或通过法律途径解决纠纷。您可以向人民法院提起诉讼或根据合同约定向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，您需要提交相关证据来支持您的主张。
五、注意事项与预防建议
紧急财产保全：如果情况紧急，您可以在提起诉讼或申请仲裁前向法院申请财产保全，以防止房东转移财产。
仔细阅读合同条款：在签订租房合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于违约责任和押金处置的部分。确保自己能够遵守合同约定，并在违约时承担相应的责任。
及时咨询专业法律人士：在处理此类纠纷时，建议您及时咨询专业法律人士的意见和帮助。他们可以为您提供更准确的法律建议和指导，帮助您更好地维护自己的合法权益。
综上所述，面对房东要扣违约金的情况，您应首先明确违约责任与合同条款，分析房东扣违约金的合理性，并与房东进行诚恳的沟通和协商。如果协商无果，您可以保留好相关证据并寻求法律支持来维护自己的合法权益。