结论概述：在租房合同签五年但只履行了三年的情况下，押金被扣后是否还需支付违约金，这主要取决于合同中的具体约定以及违约的性质和程度。以下从不同角度进行分析：
合同约定优先：
- 详细解释：首先，需要查看租房合同中关于押金和违约金的条款。如果合同中明确规定了在提前解约的情况下，押金不予退还，并且还需要支付一定数额的违约金，那么承租人可能需要按照合同约定支付违约金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
违约性质和程度：
- 详细解释：即使合同中有关于违约金的约定，但如果承租人能够证明其提前解约是由于不可抗力、出租人违约或其他合理原因导致的，那么可能可以减轻或免除违约金的支付责任。此外，如果违约金数额过高，承租人也可以请求法院或仲裁机构予以适当减少。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
押金与违约金的关系：
- 详细解释：押金和违约金是两种不同的法律概念。押金通常是为了保证合同的履行而由承租人支付给出租人的一定数额的金钱，如果承租人违约，出租人有权扣除押金作为赔偿。而违约金则是合同双方约定的，在一方违约时需要支付给对方的金钱赔偿。因此，即使押金被扣除，承租人仍可能需要根据合同约定支付违约金，除非合同中有特别约定或者法律另有规定。
- 实际操作建议：在实际操作中，建议承租人先与出租人进行协商，看是否能够就押金和违约金的支付问题达成一致意见。如果协商不成，承租人可以考虑通过法律途径解决争议。
特殊情况下的处理：
- 详细解释：如果承租人提前解约是由于出租人存在严重违约行为（如未提供符合约定的居住条件、擅自提高租金等），那么承租人不仅无需支付违约金，还有权要求出租人退还押金并赔偿损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果一方违约导致合同无法继续履行或者合同目的无法实现，另一方有权解除合同并要求违约方承担违约责任。
总结与建议：在租房合同签五年但只履行了三年的情况下，押金被扣后是否还需支付违约金，需要仔细审查合同条款并考虑违约的性质和程度。如果合同中有明确约定且违约情况符合约定条件，那么承租人可能需要支付违约金。但如果存在特殊情况或合同条款存在争议，建议承租人及时咨询专业律师（即向我咨询）以获取更具体的法律建议。