结论：事业单位经营不好时员工奖金为0而领导奖金高额，这一行为是否违法不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从奖金分配制度的角度分析
合法情形：
- 如果事业单位的奖金分配制度是经过合法程序制定，且明确规定了在不同经营状况下员工和领导的奖金分配方式，同时该制度没有违反法律法规的强制性规定，那么即使经营不好时员工奖金为0而领导奖金高额，也可能是合法的。例如，制度中可能规定，在经营亏损的情况下，员工不享受奖金，而领导因承担管理责任，根据其管理绩效和责任大小，仍可能获得一定比例的奖金。
违法情形：
- 如果奖金分配制度未经合法程序制定，或者制度内容违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、同工同酬原则等），那么该制度就是无效的。在这种情况下，即使制度中规定了经营不好时员工奖金为0而领导奖金高额，这一规定也是违法的，员工有权要求单位按照法律法规的规定进行奖金分配。
二、从同工同酬原则的角度分析
- 同工同酬原则：根据《劳动法》等相关法律法规，劳动者在提供同等劳动的情况下，应享有同等的劳动报酬。这包括基本工资、奖金、津贴等所有形式的报酬。
- 违法情形：如果事业单位在经营不好的情况下，仅因员工身份而取消其奖金，而领导却因身份不同仍获得高额奖金，且这种差异并非基于合理的绩效差异或管理责任差异，那么这种做法就可能违反了同工同酬原则。员工有权要求单位按照同工同酬的原则进行奖金分配。
三、从单位经营状况与奖金分配的关系角度分析
- 合理关联：单位经营状况与奖金分配之间应存在一定的合理关联。在经营良好的情况下，单位可以给予员工和领导更高的奖金；在经营不好的情况下，单位可以减少或取消奖金。但是，这种减少或取消应基于合理的绩效评估和管理责任分配，而不能仅因身份不同而有所差异。
- 不合理情形：如果单位在经营不好的情况下，仅取消员工奖金而保留领导高额奖金，且这种做法没有合理的绩效评估或管理责任分配作为支撑，那么这种做法就可能被视为不合理。员工有权对单位的这种做法提出质疑，并要求单位进行合理解释或调整。
四、建议与措施
- 审查奖金分配制度：员工应首先审查单位的奖金分配制度是否合法、合理，并了解自己在不同经营状况下的奖金分配情况。
- 与单位沟通协商：如果员工认为单位的奖金分配制度存在问题或不合理，可以与单位进行沟通协商，要求单位进行合理解释或调整。
- 寻求法律援助：如果沟通协商无果，员工可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，以维护自己的合法权益。
最后，事业单位在经营不好的情况下，员工奖金为0而领导奖金高额是否违法，需结合具体情况判断。如果员工对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。