结论：公司不能仅因员工给公司造成重大损失和影响就停发员工工资。
法律背景与解释：
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有义务按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是公司的法定义务，不因员工是否造成损失而免除。
损失赔偿与工资支付的区别：
- 如果员工因故意或重大过失给公司造成损失，公司有权要求员工进行赔偿。但这与工资支付是两个独立的法律关系。公司不能通过停发工资的方式来抵销员工的赔偿责任。
合法扣减工资的情形：
- 根据法律规定，公司只有在特定情况下才能合法扣减员工工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费等法定费用，或者因员工违反公司规章制度、造成公司经济损失且符合公司规章制度及劳动合同约定的情况下，可以按照一定比例扣减工资作为赔偿。但即便如此，扣减后的工资也不得低于当地最低工资标准。
停发工资的后果：
- 如果公司未经合法程序擅自停发员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能产生的经济补偿金。
法律建议：
对于公司：
- 如果员工确实给公司造成了重大损失，公司应首先通过合法途径收集证据，证明员工的过错及损失的具体数额。
- 然后，公司可以依据公司规章制度和劳动合同的约定，与员工协商赔偿事宜。如果协商不成，公司可以通过法律途径（如提起民事诉讼）要求员工赔偿。
- 在整个过程中，公司应确保不违反法律法规关于工资支付的规定，避免因此承担额外的法律责任。
对于员工：
- 如果公司以员工造成损失为由停发工资，员工应首先与公司沟通，了解停发工资的具体原因和依据。
- 如果认为公司的做法不合法，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司擅自停发工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付拖欠的工资、加付赔偿金等。
- 同时，公司还可能因违反劳动合同约定而承担违约责任，如支付经济补偿金等。
总之，公司不能仅因员工给公司造成重大损失和影响就停发员工工资。在处理此类问题时，公司应遵循法律法规的规定，通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。