结论：未付清款预定的商铺，开发商将其抵押是否合法，需根据具体情况判断，主要看开发商是否取得了该商铺的合法处分权以及是否履行了相应的告知义务。

分析说明：

1. 开发商取得合法处分权的情况：

   • 如果开发商在预售商铺时，已经取得了该商铺的合法产权，并且按照法律规定和合同约定，有权对该商铺进行处分（包括抵押），那么在这种情况下，开发商将未付清款的预定商铺进行抵押，从法律层面讲，是合法的。但前提是，开发商必须确保抵押行为不会损害购房者的合法权益，比如，在购房者已经支付了大部分房款且合同有明确约定的情况下，开发商擅自抵押可能构成违约。
   • 法律依据：根据《民法典》的相关规定，物权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。因此，如果开发商是商铺的合法物权人，其有权进行抵押等处分行为。

2. 开发商未取得合法处分权或未履行告知义务的情况：

   • 如果开发商在预售商铺时，并未取得该商铺的合法产权，或者虽然取得了产权但合同中明确约定了不得抵押等限制性条款，那么开发商将商铺进行抵押就是违法的。
   • 另外，即使开发商有权抵押商铺，但如果其未按照法律规定或合同约定履行告知义务，比如未告知购房者商铺已被抵押的情况，那么这种抵押行为也可能因侵犯购房者的知情权而构成违法或违约。
   • 法律依据：根据《消费者权益保护法》和《民法典》的相关规定，经营者在提供商品或者服务时，应当遵循诚实信用原则，不得损害消费者的合法权益。购房者作为消费者，有权知道其购买的商铺的真实情况，包括是否已被抵押等。

特殊场景：

• 在实践中，如果购房者已经支付了大部分房款，并且合同中有明确约定开发商不得擅自抵押商铺的条款，那么开发商擅自抵押商铺的行为很可能构成违约。购房者可以依据合同约定和法律规定，要求开发商承担违约责任，甚至解除合同并要求赔偿损失。

行动建议：

• 对于购房者而言，在购买商铺时，一定要仔细审查合同条款，特别是关于商铺产权、抵押等限制性条款的内容。同时，可以要求开发商提供商铺的产权证明和相关抵押情况说明，以确保自己的合法权益不受损害。
• 如果发现开发商擅自抵押了已预定的商铺，购房者应及时与开发商沟通协商，要求其解除抵押或承担违约责任。如果协商无果，可以向相关部门投诉或寻求法律途径解决。

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