结论：工程完成两年业主单位不处理是否违法，需根据具体情况判断，可能涉及违法也可能不违法。以下从不同角度进行分析：
一、合同角度
合同约定：
- 若工程合同中明确约定了工程完工后业主单位应在一定期限内进行验收、结算或支付款项等义务，而业主单位未履行，则构成违约。根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 法律建议：在此情况下，承包方可以依据合同约定，向业主单位发出书面催告，要求其在合理期限内履行义务。若业主单位仍不履行，承包方可以依法向人民法院提起诉讼，要求业主单位承担违约责任。
合同未约定或约定不明：
- 若工程合同中未明确约定工程完工后业主单位的具体处理期限或义务，则需根据行业惯例、交易习惯或相关法律法规进行判断。
- 法律建议：在此情况下，承包方可以与业主单位进行协商，明确双方的权利义务。若协商不成，承包方可以寻求第三方调解或仲裁，或者依法向人民法院提起诉讼，要求业主单位承担相应的法律责任。
二、法律角度
工程质量保修期：
- 根据《建设工程质量管理条例》的相关规定，建设工程在保修范围和保修期限内发生质量问题的，施工单位应当履行保修义务，并对造成的损失承担赔偿责任。但保修期并不等同于业主单位处理工程完工事宜的期限。
- 法律分析：若工程已完工两年，且已超过合同约定的或法律规定的保修期，业主单位仍未处理，则可能不涉及工程质量保修问题。但若业主单位未处理的事宜与工程质量无关，如未进行验收、结算或支付款项等，则仍需根据合同约定或相关法律法规进行判断。
行政法规与规章：
- 某些地区或行业可能存在特定的行政法规或规章，对工程完工后业主单位的处理期限或义务进行明确规定。
- 法律建议：承包方应了解并熟悉所在地区或行业的相关行政法规或规章，以便在业主单位未履行相关义务时，能够依法维护自己的合法权益。
三、实际操作角度
沟通与协商：
- 在工程完工后，承包方应积极与业主单位进行沟通与协商，明确双方的权利义务和处理期限。
- 法律建议：承包方可以书面形式向业主单位发出催告函或律师函，明确要求业主单位在合理期限内履行相关义务。这有助于保留证据，为后续的法律诉讼或仲裁提供有力支持。
寻求法律援助：
- 若承包方与业主单位无法就工程完工后的处理事宜达成一致意见，且承包方认为业主单位的行为已构成违法或违约，则可以寻求法律援助。
- 法律建议：承包方可以咨询专业律师（如我），了解自己的法律权益和可能的法律途径。律师将根据具体情况，为承包方提供法律意见、代理诉讼或仲裁等法律服务。
总结与进一步思考：工程完成两年业主单位不处理是否违法，需根据合同约定、相关法律法规以及实际操作情况进行综合判断。承包方在面对此类情况时，应积极与业主单位进行沟通与协商，明确双方的权利义务和处理期限。若协商不成，则可以寻求法律援助，依法维护自己的合法权益。若您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。