结论前置：工程已竣工验收超过两年，但存在违法转包分包、挂靠等违法行为的，处理方式需结合违法行为的性质、后果及法律规定综合判断，具体处理路径如下：

1. 行政责任追究：时效与程序

• 时效问题：根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（法律另有规定的除外）。但若违法行为涉及连续或继续状态（如挂靠关系持续存在），则时效从行为终了之日起计算。若竣工验收后两年内未发现违法转包、挂靠行为，行政机关可能无法直接处罚；但若存在持续违法状态（如挂靠方长期以被挂靠方名义承接工程），则仍可追究。
• 处理程序：行政机关（如住建部门）可依据《建筑法》第六十五条、第六十七条，对转包方、挂靠方及被挂靠方处以罚款、没收违法所得、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等处罚。即使工程已竣工，若违法行为在时效内被发现，仍可启动处罚程序。

2. 民事责任承担：合同效力与赔偿

• 合同效力：根据《民法典》第七百九十一条，转包、违法分包合同无效；挂靠合同（无资质个人借用有资质企业名义施工）亦无效。但工程经竣工验收合格的，承包人（实际施工人）可请求参照合同约定支付工程价款（《民法典》第七百九十三条）。
• 赔偿范围：若因违法转包、挂靠导致工程质量问题，发包人可要求转包方、挂靠方及被挂靠方承担连带赔偿责任（包括修复费用、损失赔偿等）。即使工程已验收，若后续发现质量问题，仍可追溯责任。
• 实际施工人权利：根据《建设工程司法解释（一）》第四十三条，实际施工人（转包、违法分包中的实际施工方）可突破合同相对性，直接向发包人主张工程款（以发包人欠付转包人或违法分包人工程款为限）。

3. 刑事责任风险：重大事故与渎职

• 重大责任事故罪：若违法转包、挂靠导致重大安全事故（如坍塌、人员伤亡），直接责任人员可能触犯《刑法》第一百三十四条，面临三年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
• 工程重大安全事故罪：若建设、设计、施工、监理单位违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金（《刑法》第一百三十七条）。
• 渎职犯罪：若行政机关工作人员在监管中玩忽职守，导致违法转包、挂靠行为未被及时查处，可能构成玩忽职守罪（《刑法》第三百九十七条）。

4. 实务建议：风险防范与应对

• 自查整改：若发现自身存在违法转包、挂靠行为，应立即终止违法状态，补签合法分包合同，完善资质管理，避免行政处罚及民事纠纷。
• 证据固定：若面临行政调查或诉讼，应收集工程验收合格证明、付款凭证、实际施工记录等证据，证明工程质量及己方履约情况。
• 协商解决：与发包人、转包方或挂靠方协商，通过补充协议明确责任分担，避免纠纷扩大。

提示：工程领域违法转包、挂靠行为法律风险极高，即使工程已竣工验收，仍可能因时效、质量问题或刑事责任被追溯。如有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我咨询。