针对建设手续不齐全且超过两年的情况，需结合具体手续缺失类型、项目状态及法律规定综合处理，核心结论如下：

1. 若手续缺失涉及规划许可（如建设工程规划许可证）

   • 根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按照许可证内容建设的，若无法采取改正措施消除影响，限期拆除；能改正的，处建设工程造价5%-10%罚款。
     
   • 超两年处理要点：行政处罚的追诉时效为二年，但若违法行为处于持续状态（如项目未完工或未通过验收），则不受时效限制。需立即补办规划许可，若无法补办，可能面临拆除风险。
     

2. 若手续缺失涉及施工许可（如建筑工程施工许可证）

   • 根据《建筑法》第六十四条，未取得施工许可证擅自施工的，责令停止施工，限期改正，处工程合同价款1%-2%罚款。
     
   • 超两年处理要点：施工许可的违法状态可通过补办手续终止，但需承担罚款。若项目已完工，需向建设主管部门说明情况，补交材料并接受处罚，否则可能影响竣工验收备案。
     

3. 若手续缺失涉及用地审批（如国有土地使用证）

   • 根据《土地管理法》第七十七条，未经批准或骗取批准占用土地的，责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物。
     
   • 超两年处理要点：用地违法状态持续存在的，行政机关可随时查处。需尽快补办用地手续（如协议出让、招拍挂），若无法补办，可能面临土地收回及建筑物拆除。
     

4. 若项目已投入使用且手续长期缺失

   • 需综合评估安全、消防、环保等合规性。若存在重大安全隐患，可能被责令停用或限期整改；若符合补办条件，可申请“容缺受理”或“并联审批”，缩短补办周期。
     
   • 风险提示：手续不全可能导致产权无法登记、无法办理抵押或转让，甚至引发行政强制执行或民事赔偿纠纷。
     

建议行动步骤：

1. 梳理缺失的具体手续及对应法规；
   
2. 联系当地规划、住建、国土部门，确认补办可行性及流程；
   
3. 委托专业机构评估项目合规性，制定整改方案；
   
4. 同步准备行政复议或诉讼材料，防范行政风险。
   

注：具体处理需结合项目所在地政策及手续缺失的严重程度，如有进一步疑问，可直接向我咨询。