未办理施工许可证且超期两年施工的，主要会面临责令改正、罚款，情节严重的还可能面临停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等处罚。具体分析如下：

1. 责令改正与罚款：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，并可以处以罚款。罚款的具体数额会根据违法情节的严重程度、工程规模、造成的后果等因素，由行政机关在法定幅度内裁量确定。一般来说，罚款幅度可能从工程合同价款的百分之一到百分之二不等，但具体比例需依据地方性法规或规章进一步明确。

2. 停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书：

   • 对于情节严重的情况，如多次违法、拒不改正、造成重大安全事故或严重社会影响等，行政机关除了罚款外，还可能采取更严厉的处罚措施，包括停业整顿、降低资质等级甚至吊销资质证书。这些措施旨在从根本上纠正违法行为，防止类似事件再次发生，并维护建筑市场的秩序和安全。

3. 其他可能的法律后果：

   • 除了行政处罚外，未办理施工许可证擅自施工还可能引发一系列民事和刑事责任。例如，因施工导致的安全事故可能使建设单位、施工单位及其相关责任人员承担民事赔偿责任；若构成犯罪的，如重大责任事故罪，还可能依法追究刑事责任。

建议：

• 对于已经存在未办理施工许可证且超期施工的情况，建议立即停止施工，并尽快向相关部门申请补办施工许可证。
• 在申请过程中，应如实说明情况，积极配合调查，并主动采取措施消除违法状态，以减轻或避免可能的行政处罚。
• 同时，建议加强内部管理，完善施工许可等前期手续，确保后续施工活动的合法性和合规性。

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