不起诉后工资发放问题需根据具体情形确定，核心结论如下：

1. 刑事案件不起诉后工资发放
   若员工因涉嫌刑事犯罪被采取强制措施（如拘留、逮捕），后检察机关作出不起诉决定，用人单位需分阶段处理工资发放：

   • 强制措施期间：根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第28条，劳动者被限制人身自由期间，用人单位可暂停支付工资。但需注意，若最终不起诉，员工有权主张该期间工资损失（需结合地方性法规，如《江苏省工资支付条例》第30条明确支持补发）。
     
   • 不起诉决定后：用人单位应恢复劳动关系并补发强制措施解除后的工资。若单位以“被追究刑事责任”为由解除合同（依据《劳动合同法》第39条），需证明员工行为符合“被依法追究刑事责任”要件（即法院作出有罪判决），否则构成违法解除，需支付赔偿金（2N）并补发工资。

2. 民事纠纷不起诉后工资发放
   若因民事纠纷（如劳动争议、合同纠纷）导致工资争议，检察机关不起诉决定不影响民事权利主张：

   • 劳动争议：员工可依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁，要求用人单位支付拖欠工资、加班费等。若用人单位存在恶意拖欠，员工还可主张加付赔偿金（50%-100%）。
     
   • 合同纠纷：若工资争议源于合同履行问题（如项目提成争议），员工可依据《民法典》合同编主张权利，通过诉讼或仲裁要求支付约定款项。

3. 行政处理与工资发放
   若不起诉决定伴随行政处罚（如税务、市场监管部门处罚），用人单位需优先履行行政义务，但工资发放仍需遵守《工资支付暂行规定》：

   • 非因劳动者原因停工期间，用人单位应按不低于当地最低工资标准的80%支付生活费（具体比例依地方规定，如《北京市工资支付规定》第27条）。
     
   • 若行政处罚导致经营困难，用人单位可依据《劳动合同法》第40条协商变更合同或解除合同，但需支付经济补偿（N）。

关键提醒：

• 工资发放争议需结合具体案由、地区法规及合同约定综合判断，建议提供详细背景（如不起诉类型、劳动关系状态等）进一步分析。
  
• 用人单位不得以“不起诉”为由单方面扣减工资，否则可能面临行政处罚（如《劳动保障监察条例》第26条）及民事赔偿。
  

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