公司更名后，之前申请的特殊工时制依然有效。以下从几个方面为你详细解释：

1. 特殊工时制的法律性质：

   • 特殊工时制，如不定时工作制和综合计算工时工作制，是用人单位根据工作性质或生产特点，经劳动行政部门批准后，对劳动者工作时间和休息休假作出的特殊安排。
   • 这种安排一旦获得批准，就具有法律效力，对用人单位和劳动者均产生约束。

2. 公司更名对特殊工时制的影响：

   • 公司更名是用人单位主体资格在名称上的变更，并不涉及用人单位主体资格的消灭或重新设立。
   • 根据相关法律法规，用人单位名称的变更不影响其之前已经获得的行政许可或批准的效力，包括特殊工时制的批准。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 虽然公司更名不影响特殊工时制的效力，但用人单位应及时到劳动行政部门办理相关变更手续，更新特殊工时制批准文件中的用人单位名称，以确保文件的准确性和有效性。
   • 同时，用人单位应确保在更名后继续按照特殊工时制的规定安排劳动者的工作时间和休息休假，避免侵犯劳动者的合法权益。

4. 可能涉及的法律后果：

   • 如果用人单位在公司更名后未及时办理变更手续或未按照特殊工时制的规定安排劳动者工作，可能会面临劳动行政部门的处罚或劳动者的维权诉讼。
   • 因此，用人单位应高度重视公司更名后的特殊工时制管理，确保合规运营。

建议：

• 在公司更名后，及时与劳动行政部门沟通，办理特殊工时制批准文件的变更手续。
• 加强对劳动者的宣传和培训，确保劳动者了解更名后的特殊工时制安排和自身权益。
• 定期对特殊工时制的执行情况进行自查和整改，确保合规性。

如果你在公司更名或特殊工时制管理方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。