特殊工时在有效期内是可以变更的，但需要满足一定的条件并遵循相应的程序。以下是对这一问题的详细分析：
一、变更的合法性基础
特殊工时制度，如不定时工作制和综合计算工时工作制，是相对于标准工时制而言的。这些特殊工时制度的实施，通常需要经过劳动行政部门的审批，并明确实施期限。然而，这并不意味着在有效期内就不能变更。根据相关法律法规和实际操作，只要符合法定条件并履行相应程序，特殊工时制度在有效期内是可以进行变更的。
二、变更的条件
双方协商一致：变更特殊工时制度，首先需要用人单位与劳动者进行协商，并达成一致意见。这是变更的前提和基础，确保劳动者的权益不受侵害。
符合法定情形：变更特殊工时制度还需要符合法定情形。例如，由于生产经营需要，用人单位可能需要调整劳动者的工作时间安排；或者由于劳动者个人原因，如健康状况、家庭情况等，需要调整工作时间。这些情形都需要有充分的理由和证据支持。
重新报批：即使双方协商一致并符合法定情形，变更特殊工时制度还需要重新向劳动行政部门报批。劳动行政部门将对变更申请进行审查，确保变更符合法律法规的规定，并保障劳动者的合法权益。
三、变更的程序
提出申请：用人单位或劳动者（通常通过用人单位）向劳动行政部门提出变更特殊工时制度的申请，并提交相关材料，如变更申请书、双方协商一致的证明、符合法定情形的证据等。
审查批准：劳动行政部门对变更申请进行审查，包括审查变更的理由是否充分、证据是否确凿、是否符合法律法规的规定等。经审查符合条件的，劳动行政部门将批准变更申请，并重新核发特殊工时制度批准文件。
告知劳动者：用人单位在收到劳动行政部门的批准文件后，应及时将变更情况告知劳动者，并确保劳动者了解变更后的工作时间安排、工资待遇等相关事项。
四、注意事项
保障劳动者权益：在变更特殊工时制度的过程中，用人单位应充分保障劳动者的合法权益，如确保劳动者享有足够的休息时间、支付加班费等。
遵守法律法规：用人单位在变更特殊工时制度时，应严格遵守相关法律法规的规定，不得擅自变更或违反法律法规的规定。
及时沟通：用人单位与劳动者之间应保持及时沟通，确保双方对变更事项有充分的理解和认识，避免因沟通不畅而引发纠纷。
总结来说，特殊工时在有效期内是可以变更的，但需要满足双方协商一致、符合法定情形以及重新报批等条件，并遵循相应的程序。如果你在变更特殊工时制度过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。