结论：员工请事假一个月超过12天，绩效工资不予发放且不参与绩效考核，这一做法是否合法，需结合具体情况分析，不一定完全合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了员工请事假超过一定天数时，绩效工资不予发放或不参与绩效考核，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这一做法可能是合法的。
- 但需注意，劳动合同中的约定必须公平合理，不能显失公平或侵犯员工的合法权益。
规章制度规定：
- 如果公司规章制度中有类似规定，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向员工进行了公示或告知，那么这一规定在内部管理中可能具有法律效力。
- 然而，规章制度同样不能违反法律法规的强制性规定，且应合理、公平地对待所有员工。
二、从法律法规的角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工在法定工作时间内提供了正常劳动的，用人单位应支付相应的工资报酬。
- 绩效工资作为工资的一部分，其发放通常与员工的工作表现、业绩等挂钩。但请事假并不直接等同于未提供正常劳动，除非事假期间确实未从事任何工作。
事假性质与工资扣除：
- 事假是员工因个人原因需要暂时离开工作岗位的假期。在事假期间，员工通常不享受工资待遇，但这是否包括绩效工资，需根据具体情况和合同约定来判断。
- 如果公司因员工请事假而完全扣除绩效工资，可能涉嫌侵犯员工的合法权益，特别是当事假并非由员工主观故意造成，且事假期间员工并未违反公司规定或造成公司损失时。
三、从合理性和公平性的角度
合理性考量：
- 公司制定规章制度或劳动合同条款时，应充分考虑其合理性和可行性。对于员工请事假超过一定天数就完全扣除绩效工资的做法，可能缺乏合理性，因为这可能无法准确反映员工的工作表现和业绩。
公平性考量：
- 公司应公平对待所有员工，避免因为个别员工请事假而对其采取不公平的待遇。如果公司对所有请事假的员工都采取相同的绩效工资扣除政策，且该政策不违反法律法规和合同约定，那么可能具有一定的公平性。但如果政策存在歧视性或不合理性，则可能引发劳动纠纷。
四、建议与措施
审查合同和规章制度：
- 公司应审查劳动合同和规章制度中关于事假和绩效工资的规定，确保其合法、合理且公平。
与员工沟通协商：
- 在制定或修改相关政策时，公司应与员工进行充分沟通协商，听取员工的意见和建议，确保政策的可行性和接受度。
寻求法律意见：
- 如果公司对相关政策是否合法存在疑问，可以寻求专业律师的法律意见，以确保政策的合法性和有效性。
总结来说，员工请事假一个月超过12天，绩效工资不予发放且不参与绩效考核的做法，其合法性需结合劳动合同、规章制度以及法律法规的具体规定来判断。如果这一做法缺乏合法依据或合理性、公平性考量，则可能引发劳动纠纷。因此，建议公司在制定相关政策时务必谨慎行事，并寻求专业法律意见以确保政策的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。