公司以旷工为由停薪留职是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从合法与违法两种情况分别进行分析：
合法情况
公司规章制度明确且合法：
- 若公司的规章制度中明确规定了旷工的定义、后果以及停薪留职的处理程序，并且这些规定已经经过民主程序制定、内容合法且已向劳动者公示，那么公司以此为由对旷工员工进行停薪留职处理，是合法的。
- 例子：某公司《员工手册》中规定，连续旷工2天或累计旷工3天以上，公司有权对员工进行停薪留职处理，直至员工返岗或按照公司规定解除劳动合同。该手册经过职工代表大会通过并全员发放。若员工张某连续旷工2天，公司依据此规定对其进行停薪留职处理，此行为合法。
员工旷工事实确凿：
- 公司有充分的证据证明员工确实存在旷工行为，如考勤记录、监控录像、同事证言等，且员工无法提供合理解释或证据反驳，那么公司以此为由进行停薪留职处理，也是合法的。
违法情况
旷工事实认定不清：
- 若公司缺乏充分证据证明员工旷工，如考勤记录不准确、存在误打卡情况，或者员工能提供合理解释（如因病住院、突发紧急事件等）及相应证据，那么公司以此为由进行停薪留职处理，就缺乏事实依据，构成违法。
- 例子：员工李某因突发疾病住院未能及时请假，公司仅凭考勤记录认定其旷工并进行停薪留职处理。后李某提供住院证明，此时公司处理行为违法。
公司规章制度不合理或未依法制定公示：
- 若公司规章制度中对旷工的界定不合理（如迟到10分钟即算旷工），或者规章制度未经民主程序制定及公示，对员工无约束力，那么公司据此进行停薪留职处理，也是违法的。
- 例子：某公司规定迟到15分钟即算旷工并进行停薪留职处理，由于规定不合理，该处理行为违法。
未遵循法定程序：
- 即使公司规章制度合法且员工旷工事实确凿，但公司在处理过程中未遵循法定程序，如未提前通知员工、未听取员工申辩、未出具书面处理决定等，也可能构成违法。
法律建议
对于公司：
- 确保规章制度合理、合法，并经过民主程序制定及公示。
- 在处理旷工员工时，遵循法定程序，确保处理行为合法合规。
- 谨慎处理旷工事件，避免滥用停薪留职等处理措施引发劳动争议。
对于员工：
- 遵守公司规章制度，避免旷工行为。
- 如因特殊原因无法按时到岗，应及时向公司请假并提供相应证据。
- 如对公司处理行为有异议，可依法向劳动争议仲裁机构或人民法院提起诉讼或申请仲裁。
总之，公司以旷工为由停薪留职是否违法，需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。