留置期间停发工资是否合法，需根据被调查人的身份（公职人员或非公职人员）以及留置期间的具体情况来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、公职人员
一般原则：
- 公职人员在被监察机关采取留置措施期间，其工资待遇通常会受到影响。留置意味着被调查人涉嫌严重违法违纪问题，处于调查处理过程中，因此工资发放并非绝对。
留置期间的工资处理：
- 停发工资，发放生活费：有观点认为，留置期间应停发工资，但发放生活费，按本人原基本工资的75%计发，以保障其基本生活需求。同时，留置期间不计算工作年限。
- 工资正常发放：也有观点认为，留置期间工资应正常发放，以促使被调查人配合调查，查清事实。但这一做法并非普遍实践，且可能因具体案件和地区差异而有所不同。
处理结果后的工资处理：
- 若最终被认定不构成违法违纪，公职人员恢复公职，应补发留置期间的工资、奖金及其他福利待遇，并恢复其原有的工资级别，同时计算工作年限。
- 若最终被认定构成违法违纪并受到相应处分，如降级、撤职等，将根据《行政机关公务员处分条例》等规定降低工资档次或停发工资；若受到开除处分，则自处分决定生效之日起解除其与单位的人事关系，停发工资。
二、非公职人员
对于非公职人员被监察机关留置协助调查的情况，其与所在单位的劳动关系基于劳动合同来确定：
非过错情况下的工资处理：
- 如果劳动者因配合监察机关留置调查而无法履行工作职责，且并非基于自身过错，用人单位原则上应按劳动合同约定发放工资。若因此产生争议，劳动者可通过与用人单位协商或劳动争议仲裁等法定程序维护自身权益。
涉及违法违纪行为的工资处理：
- 如果劳动者本身涉及与所在单位相关的违法违纪行为导致被留置，用人单位可以根据内部规章制度及劳动合同约定决定是否发放工资。在这种情况下，单位可能会基于劳动者严重违反规章制度等理由暂停或停发工资。
三、实际操作建议
- 及时咨询：在实际操作中，留置期间工资是否发放可能因具体情况和地区差异而有所不同。因此，建议公职人员和非公职人员在面临此类情况时，及时向我咨询以获取准确信息。
- 保留证据：无论工资是否发放，被调查人都应保留好相关证据，如工资条、银行流水、留置通知书等，以备不时之需。
- 依法维权：如果认为自己的合法权益受到侵害，如工资被非法停发等，被调查人应依法通过劳动争议仲裁、诉讼等途径维护自己的权益。
总结来说，留置期间停发工资是否合法并无一概而论的答案，而是需要根据被调查人的身份、留置期间的具体情况以及最终的处理结果来综合判断。在处理此类问题时，应确保遵循相关法律法规的规定，保障被调查人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。