公司质检部门负责人在化验室吃饭这一行为，是否处罚及如何处罚需结合具体情况判断，但通常可能涉及违反公司规章制度或安全生产规定，公司可依据内部规定给予相应处分，若造成严重后果还可能涉及行政或刑事责任。以下从不同角度进行分析：

1. 从公司规章制度角度
   若公司有明确规定禁止在化验室等特定工作区域饮食（例如为保障食品安全、防止交叉污染或符合卫生标准），则该负责人的行为属于违反公司制度。公司可依据《劳动合同法》第三十九条及内部《员工手册》等规定，视情节轻重给予警告、罚款、降职甚至解除劳动合同等处分。
   建议：公司应先核查内部规章制度是否明确禁止此类行为，并确保制度已通过民主程序制定且向员工公示（否则可能因程序瑕疵导致处罚无效）。

2. 从安全生产角度
   化验室可能存放有毒有害物质或涉及精密仪器操作，饮食行为可能引发污染、误触设备或火灾等安全隐患。若公司安全生产管理制度中明确禁止此类行为，且该行为被认定为“严重违反操作规程”，公司可依据《安全生产法》第一百零四条要求其改正，并可能面临行政处罚（如罚款）；若造成事故，负责人还可能承担刑事责任（如重大责任事故罪）。
   建议：公司需证明该行为与潜在危害的因果关系，例如通过监控记录、安全评估报告等证据。

3. 从劳动纪律角度
   即使公司未明确禁止饮食，但若该行为影响工作效率、破坏工作秩序或违反基本职业规范（如质检工作需保持专注），公司仍可依据《劳动法》第三条“劳动者应遵守劳动纪律”的规定，给予口头批评、书面警告等纪律处分。
   建议：处罚前应听取员工陈述申辩，确保程序公正，避免因程序违法引发劳动争议。

总结与建议：

• 公司应优先依据内部规章制度处理，确保制度合法有效且处罚程序合规；
  
• 若行为涉及安全隐患，需同步评估是否需向应急管理部门报告；
  
• 处罚时需注意“过罚相当”，避免因处罚过重引发纠纷。
  

如有进一步细节（如公司制度内容、行为后果等），可向我补充说明，我会为您分析具体处理方案。