公司因检查问题对员工进行罚款的处理方式需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若公司罚款行为缺乏法律依据或违反法定程序，员工有权拒绝并可主张权利
   根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得随意克扣员工工资。罚款需同时满足以下条件才合法：

   • 制度依据：罚款规定需写入经民主程序制定的公司规章制度（如职工代表大会讨论通过），且内容不违反法律强制性规定（如罚款金额不得超过月工资的20%）；
     
   • 事实依据：员工存在明确违反规章制度的行为（如旷工、严重失职等），且公司需提供充分证据（如监控录像、书面记录等）；
     
   • 程序合法：罚款前需告知员工违规事实、依据及金额，并允许员工申辩；罚款后需出具书面通知并保留送达证据。
     若公司未满足上述条件，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求返还罚款并可能主张赔偿。

2. 若公司罚款合法但员工认为金额不合理，可通过协商或法律途径解决
   即使公司制度合法，若员工认为罚款金额过高（如超过实际损失），可先与公司协商调整。若协商无果，可申请劳动仲裁，由仲裁机构根据以下因素裁决：

   • 员工违规行为的严重性；
     
   • 公司实际遭受的损失；
     
   • 罚款金额是否符合“比例原则”（即罚款与过错程度相当）。
     例如：员工因疏忽导致公司损失1000元，公司罚款2000元可能被认定为不合理。

3. 特殊情形：公司以“检查问题”为名变相罚款可能涉嫌违法
   若公司以“卫生不达标”“着装不规范”等非严重违规事项为由罚款，且罚款频率高、金额大，可能被认定为“以罚代管”或变相克扣工资。此时员工可：

   • 收集证据（如罚款通知、工资条、同事证言等）；
     
   • 向当地劳动监察大队举报（电话12333）；
     
   • 申请劳动仲裁，主张返还罚款并要求公司改正管理方式。
     

行动建议：

• 第一步：要求公司出具书面罚款通知，明确违规事实、制度依据及金额；
  
• 第二步：核对公司规章制度是否经民主程序制定且已公示；
  
• 第三步：根据情况选择协商、投诉或仲裁，优先保留证据（如录音、聊天记录等）。
  

如有进一步细节（如公司制度内容、罚款具体事由等），可向我补充说明，我会结合案例为您分析。