公司对部门罚款的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若罚款属于公司内部管理措施
   根据《劳动合同法》及相关司法解释，公司无权对员工或部门直接处以罚款，除非符合以下条件：

   • 罚款依据为员工签字确认的合法规章制度（如《员工手册》），且内容不违反法律强制性规定（如罚款金额不得超过当月工资的20%）；
     
   • 罚款目的为弥补公司实际损失（如员工因过失导致公司财产损坏），而非惩罚性措施。
     处理建议：
     
   • 部门可要求公司出具罚款依据的书面文件，核对是否符合法定程序；
     
   • 若罚款无合法依据，部门可通过工会或职工代表大会提出异议，或向劳动监察部门投诉。

2. 若罚款涉及行政处罚（如环保、安全等违规）
   若公司因部门行为被行政机关处罚（如环保局罚款），处罚对象为公司而非部门，但公司可能通过内部责任追究向部门或个人追偿。
   处理建议：

   • 核实行政处罚决定书的被处罚主体是否为公司；
     
   • 若公司要求部门承担罚款，需明确追偿依据（如部门负责人存在重大过失），并确保追偿金额合理。

3. 若罚款涉嫌违法克扣工资
   根据《工资支付暂行规定》，公司不得以罚款为由克扣员工工资，除非符合法定扣减情形（如代扣个税、社保等）。
   处理建议：

   • 部门员工可要求公司出具工资扣减的合法凭证；
     
   • 若公司无法提供，员工可向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求补发工资并赔偿。

温馨提示：公司对部门的“罚款”可能涉及劳动法、行政法等多重法律关系，建议优先通过内部沟通明确性质，必要时保留书面证据（如罚款通知、规章制度）以便维权。如有具体案例，可直接向我提供细节，我将进一步分析。