您好，关于公司给员工罚款的处理问题，这确实是一个涉及劳动法规定和员工权益的重要议题。首先，需要明确的是，公司并不具有随意的罚款权，罚款应当遵循合法、合理和善意的原则。
一、公司罚款的合法性基础
根据劳动法的相关规定，公司对员工进行罚款必须基于合法的规章制度，并且这些规章制度需要经过民主程序制定，内容合法、合理，且不得与法律法规相抵触。如果公司的罚款规定超出了法律允许的范围，或者没有明确的制度依据，那么这种罚款就是不合法的。
二、常见的不合法罚款情形
超出合理范围的迟到罚款：虽然公司可以对迟到员工进行一定的扣款，但扣款金额应当与员工迟到所造成的实际损失相匹配，不能超出员工正常日薪的合理范围。
请假扣多倍工资：员工请事假时，公司应当扣除请假当天的工资，但不得扣除多倍工资或设置不合理的请假成本。
工作绩效未达标扣工资：工资是员工提供劳动力的报酬，公司不能因员工绩效未达标而随意克扣工资。如果确实需要扣款，也应当有明确的制度依据，并且扣款金额应当合理。
给公司造成损失扣工资：虽然员工因个人原因给公司造成损失时，公司可以扣除部分工资作为赔偿，但扣除金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
三、合法罚款的注意事项
制度依据：公司罚款必须有明确的制度依据，这些制度需要经过民主程序制定，并且内容合法、合理。
合理适度：罚款金额应当与员工违纪行为的严重程度相匹配，不能过度惩罚或滥用罚款权。
程序正当：公司在对员工进行罚款时，应当遵循正当的程序，如事先告知、听取员工申辩等。
四、员工应对策略
如果员工认为公司的罚款不合法或不合理，可以采取以下措施：
与公司沟通：首先尝试与公司沟通，了解罚款的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
申请劳动仲裁：如果沟通无果，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
寻求法律援助：在必要时，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更专业的法律建议和支持。
五、案例参考
以您提供的案例为例，上海某医疗公司因员工迟到而扣除高额工资的做法被法院认定为不合法。法院认为，公司虽然可以制定规章制度对迟到员工进行扣款，但扣款金额应当合理且善意，不能超出员工正常日薪的合理范围。最终，法院判决公司支付员工工资差额，维护了员工的合法权益。
综上所述，公司在对员工进行罚款时必须遵循合法、合理和善意的原则。如果员工认为公司的罚款不合法或不合理，可以通过沟通、申请劳动仲裁或寻求法律援助等方式来维护自己的权益。希望这些解答能对您有所帮助。