结论：拖欠农民工资时，建设单位代付的款项一般从工程款中扣除，但具体扣除方式可能因合同约定、工程进度款支付情况以及相关法律法规的规定而有所不同。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定优先

1. 合同有明确约定：如果建设单位与施工单位（或总承包单位）之间的合同中明确约定了拖欠农民工工资时代付款项的扣除方式，比如明确约定从工程款中扣除，那么应当遵循合同约定。这是合同自由原则的体现，也是民事法律关系中意思自治的重要表现。

2. 合同无明确约定：如果合同中没有明确约定，那么就需要根据相关法律法规的规定以及工程实际情况来确定扣除方式。

二、工程款与进度款的关系

1. 工程款的概念：工程款是建设单位按照合同约定，应当支付给施工单位的全部款项，包括预付款、进度款、结算款等。

2. 进度款的概念：进度款是工程款的一部分，是建设单位根据工程进度，按照合同约定支付给施工单位的款项。它通常与工程的完成量或完成阶段相对应。

3. 扣除方式的分析：

   • 从工程款中扣除：在拖欠农民工工资的情况下，如果建设单位决定代付，且合同中没有明确约定扣除方式，那么从工程款中扣除是一种合理且常见的做法。因为工程款是建设单位应当支付给施工单位的全部款项，代付款项可以视为对工程款的一种抵扣。
   • 从进度款中扣除：虽然进度款是工程款的一部分，但直接从进度款中扣除代付款项可能并不合适。因为进度款通常与工程的完成量或完成阶段相对应，如果直接从进度款中扣除，可能会影响施工单位的资金流和工程进度。当然，如果合同中有明确约定，或者双方协商一致，也可以从进度款中扣除。

三、相关法律法规的规定

1. 《保障农民工工资支付条例》：该条例明确规定了建设单位应当按照合同约定及时拨付工程款，并将人工费用足额拨付至农民工工资专用账户。如果建设单位未按照约定拨付工程款，导致农民工工资拖欠的，建设单位应当以未结清的工程款为限先行垫付被拖欠的农民工工资。这里的“未结清的工程款”可以理解为建设单位尚未支付给施工单位的全部款项，包括进度款和结算款等。

2. 其他相关法律法规：除了《保障农民工工资支付条例》外，还有其他相关法律法规对工程款的支付、农民工工资的保障等作出了规定。这些法律法规也是确定扣除方式的重要依据。

四、实际操作建议

1. 查阅合同：首先，应当查阅建设单位与施工单位之间的合同，明确合同中关于工程款支付、农民工工资保障以及代付款项扣除方式的约定。

2. 协商确定：如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，双方应当协商确定扣除方式。在协商过程中，应当充分考虑工程实际情况、施工单位的资金流状况以及农民工的权益保障等因素。

3. 遵循法律法规：在确定扣除方式时，应当遵循相关法律法规的规定，确保扣除方式的合法性和合理性。

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