关于进度款扣预付款时是否扣回民工工资的问题，这主要取决于合同约定、相关法律法规以及工程款项支付的具体实践。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同约定角度：
- 在工程合同中，通常会明确约定工程款项的支付方式、时间节点以及预付款、进度款、结算款等各类款项的支付条件和比例。
- 如果合同中明确规定了进度款在扣除预付款时，需要同时扣除民工工资部分，那么双方应按照合同约定执行。
- 反之，如果合同中没有明确规定，或者规定不明确，那么就不能随意从进度款中扣除民工工资。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣或拖欠。民工工资作为劳动者提供劳动后应得的报酬，受到法律保护。
- 在工程款项支付中，如果涉及民工工资的支付，应确保民工工资的优先支付，以保障民工的合法权益。
- 如果因工程款项支付问题导致民工工资被拖欠，民工有权向相关部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的权益。
工程实践角度：
- 在工程实践中，为了保障民工的合法权益，通常会采取一些措施来确保民工工资的支付。例如，设立民工工资专用账户，将民工工资直接支付到该账户中；或者要求施工单位在支付进度款时，优先支付民工工资部分。
- 如果进度款在扣除预付款时，需要同时考虑民工工资的支付，那么应在合同中明确约定，并在支付过程中严格按照约定执行。
法律建议：
- 对于施工单位而言，在签订工程合同时，应明确约定工程款项的支付方式、时间节点以及各类款项的支付条件和比例，特别是要明确民工工资的支付方式和时间节点。
- 在支付进度款时，应严格按照合同约定执行，不得随意扣除民工工资部分。如果因特殊情况需要扣除，应事先与民工或相关方进行协商，并达成一致意见。
- 对于民工而言，如果发现自己的工资被拖欠或未按时支付，应及时向相关部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果施工单位未按照合同约定支付民工工资，可能会面临法律责任，包括被责令支付拖欠的工资、加付赔偿金等。
- 同时，施工单位还可能因拖欠民工工资而面临信用受损、工程进度受阻等不利后果。
综上所述，进度款扣预付款时是否扣回民工工资，应主要依据合同约定和相关法律法规来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。