工程结算款是否应该扣除垫付的农民工工资，这并非一个绝对的问题，而是需要根据具体情况和合同约定来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果工程承包合同或相关协议中明确规定了工程结算款中需要扣除垫付的农民工工资，那么发包方或总承包方在支付工程结算款时，有权按照合同约定进行扣除。
- 这种约定通常是为了确保农民工工资的及时支付，防止因工程款支付问题导致农民工工资拖欠。
合同无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定工程结算款需要扣除垫付的农民工工资，那么发包方或总承包方通常无权单方面进行扣除。
- 在这种情况下，如果发包方或总承包方擅自扣除，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。
二、法律规定角度
农民工工资支付保障：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，农民工有按时足额获得工资的权利，任何单位和个人不得拖欠农民工工资。
- 如果发包方或总承包方未按照约定支付工程款，导致农民工工资拖欠，可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于支付拖欠的工资、赔偿损失等。
工程款支付与农民工工资支付的关系：
- 工程款支付与农民工工资支付是两个不同的法律关系。工程款是发包方或总承包方支付给承包方或分包方的款项，用于覆盖工程成本、利润等；而农民工工资是承包方或分包方支付给农民工的劳动报酬。
- 除非合同中有明确约定，否则发包方或总承包方无权将工程款与农民工工资直接挂钩，进行单方面的扣除。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在签订工程承包合同或相关协议时，应仔细审查合同条款，明确工程结算款是否需要扣除垫付的农民工工资。
- 如果合同中有相关约定，应确保约定合法、合理，并明确扣除的具体方式、比例等。
保留相关证据：
- 在施工过程中，应保留好与农民工工资支付相关的证据，如工资单、支付凭证等。
- 这些证据在发生纠纷时，可以作为证明农民工工资支付情况的重要依据。
及时沟通协商：
- 如果发包方或总承包方提出扣除工程结算款中的农民工工资，承包方或分包方应及时与其沟通协商，明确扣除的依据和合理性。
- 如果双方无法达成一致意见，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
总结来说，工程结算款是否应该扣除垫付的农民工工资，需要根据合同约定和法律规定来判断。在签订合同时，应明确相关条款；在施工过程中，应保留好相关证据；在发生纠纷时，应及时沟通协商或寻求法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。