结论：在您所描述的情况下，罚款的承担主体可能涉及您儿子（作为法人）以及店铺（作为经营实体），具体取决于执法部门的认定和处罚决定。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法人责任角度：

   • 您儿子作为店铺的法人，在法律上代表店铺进行经营活动。若店铺因未取得小作坊证而被查处，法人通常需要承担一定的法律责任。这包括但不限于接受行政处罚、缴纳罚款等。
   • 执法部门在处罚时，可能会直接针对法人进行处罚，要求其缴纳罚款或采取其他行政措施。这是因为法人在法律上被视为店铺的代表，对店铺的经营活动负有直接责任。

2. 店铺责任角度：

   • 店铺作为经营实体，若未取得必要的经营许可（如小作坊证），则属于违法经营。执法部门在查处时，除了可能对法人进行处罚外，还可能对店铺本身进行处罚，包括罚款、责令停业整顿等。
   • 在某些情况下，执法部门可能会将罚款直接开具给店铺，要求店铺缴纳。这是因为店铺是违法经营行为的直接实施者，应当承担相应的法律责任。

3. 实际经营情况角度：

   • 若您儿子虽然作为法人，但实际并不参与店铺的日常经营管理，而是由您或其他人员负责，那么在处罚时，执法部门可能会考虑这一实际情况，对实际经营者进行处罚或要求其承担连带责任。
   • 然而，这并不意味着法人可以完全免除责任。法人仍然需要对店铺的经营活动负有一定的监督和管理责任，若因管理不善导致违法经营，法人仍可能受到处罚。

4. 法律建议：

   • 鉴于您儿子作为法人可能面临的法律责任，建议您尽快与执法部门沟通，了解具体的处罚决定和缴纳罚款的要求。
   • 同时，您应尽快办理小作坊证或其他必要的经营许可，以确保店铺的合法经营。这不仅可以避免进一步的法律处罚，还可以提升店铺的信誉和竞争力。
   • 若您对处罚决定有异议或认为执法部门在处罚过程中存在不当行为，您可以考虑寻求法律援助或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

后续行动建议：在处理此类问题时，建议您保持冷静并积极配合执法部门的工作。同时，您可以咨询专业律师（如我）以获取更具体的法律建议和指导。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。