事业单位员工因立案跨年未结案，工资发放需根据具体情况确定，一般遵循以下原则：

1. 正常发放基本工资
   根据《事业单位人事管理条例》第三十二条及《工资支付暂行规定》，事业单位员工在立案调查期间（未被停职或解除劳动关系前），单位应正常发放基本工资（如岗位工资、薪级工资）。基本工资属于员工劳动报酬的核心部分，与是否在岗、是否被调查无直接关联，单位不得随意扣减。

2. 绩效工资或奖金可能暂停发放
   若单位规章制度或劳动合同中明确约定“绩效工资、奖金与工作成果、考勤或纪律表现挂钩”，且立案调查涉及员工是否存在违纪、失职等行为（如贪污、渎职等），单位可暂停发放与调查事项相关的绩效工资或奖金。但需满足以下条件：

   • 规章制度已通过民主程序制定并公示；
     
   • 暂停发放的决定有合理依据（如初步证据显示员工可能存在违规行为）；
     
   • 暂停发放的范围仅限于与调查事项直接相关的部分，不得扩大至全部绩效或奖金。

3. 停职期间的工资发放规则
   若单位因调查需要对员工停职（需出具书面停职通知并说明理由），停职期间的工资发放需分情况处理：

   • 非本人原因停职（如单位主动调查）：停职期间应发放基本工资，绩效工资或奖金可暂停发放；
     
   • 本人原因停职（如员工涉嫌严重违纪被要求配合调查）：单位可依据规章制度扣减部分工资，但扣减比例不得超过国家或地方规定的最低工资标准（如《最低工资规定》第十二条）。

4. 结案后的工资补发或追偿

   • 若调查结果证明员工无过错，单位应补发停职或扣减期间的全部工资（包括基本工资、绩效工资及奖金）；
     
   • 若调查结果证明员工存在过错，单位可依据规章制度或劳动合同追偿已发放的工资（如因员工失职导致单位损失的，可要求赔偿，但需通过劳动仲裁或诉讼程序确认）。

建议行动：

• 员工可要求单位出具书面说明，明确停职或扣减工资的依据（如规章制度条款、调查进展等）；
  
• 若单位无正当理由扣减工资，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 涉及复杂情形（如停职程序违法、扣减工资比例过高），建议提供具体材料（如停职通知、工资条、规章制度等）进一步分析。
  

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