结论：在撤诉申请尚未通过，但厂家已经赔付的情况下，是否可以将异物饼干返厂，这主要取决于双方之间的协商结果以及赔付协议的具体内容。以下从不同角度进行分析：
协商角度：
- 如果双方已经就赔付事宜达成一致，并且赔付协议中并未明确禁止将异物饼干返厂，那么从协商自由的角度出发，你可以与厂家进一步沟通，询问是否可以返厂。
- 厂家可能出于多种考虑（如产品质量改进、避免法律纠纷等）而同意接收返厂的异物饼干。
赔付协议内容：
- 仔细审查赔付协议，看其中是否有关于异物饼干处理方式的明确条款。如果协议中明确规定了饼干的处置方式（如销毁、保留作为证据等），则应遵循协议执行。
- 如果协议中没有明确规定，那么双方可以协商确定饼干的处置方式。
法律角度：
- 从法律层面讲，撤诉申请尚未通过并不影响双方之间的民事协商和赔付协议的效力。只要赔付协议是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。
- 如果将异物饼干返厂是赔付协议的一部分或者双方协商一致的结果，那么这种行为并不违反法律规定。
实际操作建议：
- 在与厂家沟通时，建议保留好所有相关的沟通记录和赔付协议，以备不时之需。
- 如果厂家同意接收返厂的异物饼干，建议明确返厂的时间、方式以及后续的处理方式等细节，以避免后续产生纠纷。
特殊情况考虑：
- 如果撤诉申请与产品质量纠纷直接相关，且撤诉申请尚未通过意味着法律程序尚未结束，那么在这种情况下，返厂异物饼干可能需要更加谨慎处理。因为返厂可能被视为对证据的处置，可能影响后续的法律程序。
- 在这种情况下，建议先咨询法律专业人士（如我，高和利律师，专注于合同纠纷等领域），了解返厂可能带来的法律后果，再根据具体情况做出决定。
总结与建议：
- 总体上，是否可以将异物饼干返厂取决于双方之间的协商结果和赔付协议的具体内容。
- 在实际操作中，建议保留好相关证据和沟通记录，明确返厂的细节和后续处理方式。
- 如果涉及法律程序尚未结束的情况，建议先咨询法律专业人士以获取更具体的法律建议。
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